五千年(敝帚自珍)

主题:【妖道瞎侃】浅谈进化――从细菌的抗药性谈起 -- 水风

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  • 家园 【妖道瞎侃】浅谈进化――从细菌的抗药性谈起

    这个题目是很大的,以妖道的斤两,也只能给大家讲一点皮毛。就用两个例子来给大家说明一下好了。主要是加深一下了解。嘿嘿,顺便应付一下差事。

    前一阵子,有个关于细菌抗药性的讨论。河里的大夫们已经从医学角度揭示得很清楚了。我想继续深入一点,探讨一下抗药性根本的成因。

    说到细菌的抗药性,就不能不说抗生素的来历。抗生素是人们在研究细菌过程中一个偶然的发现。人们发现,如果长过了某种真菌,比如说各种霉菌,什么青霉红霉黑霉白霉的,很多情况下就不会再长别的东西。什么细菌阿,别的真菌阿,乱七八糟的东西,就不会再生长。我们的老祖宗应用这些东西已经很久了。酿酒用的酒曲,其中的主要成分虽然是酵母,但是酵母发酵需要的糖都是来自糖化作用,而糖化作用的主力就是各种霉类。应用霉类的另外一个好处就是不长杂菌。为什么空气中那么多细菌,什么,你看不见,但是把菜放在外面很快就腐败变质大家都见过吧,这就是那些细菌们干的。为什么糖化之后富含营养的酒糟就不会腐败变臭呢?很遗憾我们的老祖宗没有一个问这个问题的,结果就便宜了发现酵母菌的的那个法国人。那个人叫做巴斯德,大家现在喝得牛奶,喝的果汁,都是经过巴氏消毒的,这个消毒法,就是他发明的。

    巴斯德发现,真菌,(包括酵母在内)会分泌一些代谢产物出来,抑制其他种类的真菌和细菌生长。酒精是第一种被发现的代谢产物。酿酒酵母制造酒精的能力是如此之高,最终可以达到20%的酒精含量(这个含量也是所有非蒸馏酒能够达到的最高酒精含量),在那么高的酒精含量下,没有任何真菌和细菌可以存活下来,包括酿酒酵母自己。结果就造成了一个真正无菌的环境。真菌的代谢产物五花八门,从酒精,就是乙醇,到甲醇,(工业酒精里面就有,喝了会失明),到甘油,到正丁醇等各种简单的有机物质,到各种复杂的芳香环类物质,到各种奇特的蛋白产物。

    在所有这些产物里面,鼎鼎大名的就是抗生素。严格说来,抗生素是指由真菌或者细菌产生的,对于某些种类的细菌或者真菌具有抑制生长到杀死作用的代谢产物。现在临床应用的各种抗菌素不再是直接由真菌或者细菌产生出来的。而是经过了各种化学集团的修饰,使之对细菌具有更强的杀伤力,对于人体和牲畜具有更低的毒性。比如说最早的青霉素的致死率还是很高的,有千分之几。但是现在大家应用的氨苄青霉素或者羧苄青霉素的致死率只有几亿分之一,而且用药量大大减少。

    那么抗生素是如何起作用的呢?大家知道一个生命要活下去就要进行新陈代谢,说白了就是吃喝拉撒。在哪一个环节上出了毛病,你都会活不下去。抗生素就是针对这些关键的环节起作用。以青霉素为例,青霉素主要是破坏细胞外的一种可以产生细胞壁的酶。这种酶只有在某些特定的细菌中才存在,所以不会有什么误伤的问题。这种酶的作用就是产生新的细胞壁。如果没了这种酶,新产生的细胞就会缺乏细胞壁的保护。一旦处在不良环境,会很快就完蛋。再以红霉素为例,红霉素主要影响细菌等原核生物蛋白质的合成,蛋白质是生命中重要的结构和功能物质,一旦缺了他,很快会玩完。

    那么细菌也是不甘坐以待毙的,他们也有自己的法子来反击。像青霉素,一个法子就是我产生一种新的酶,具有相同的功能,但是不受你的影响。另外一个法子就是我不停的产生原来的酶,你一个青霉素破坏一个酶,我生产一千个不行,就来一万个。一万个不行,就来一百万个。只要生产的速度超过了破坏的速度,青霉素就没辙。还有更狠的,直接生产出一种酶来破坏青霉素,你来一个,我杀一个。看你怎么着。

    实际上,因为个体的差异,这些情况一直都存在在各种细菌当中。有个实验就是验证到底抗药性是早就有之还是碰到青霉素才出现的。我现在不给大家讲,哪位有兴趣可以猜一猜。言归正传,就是说,这些抗药性的法子早就在细菌中存在了,但是并不流行。为什么?比方说出门带伞可以防止淋雨,但是天天都带即费力气,又会招人笑话,还不如放在家里好了。细菌也是这样,因为什么措施都不采取的细菌生长的最快,他们的后代也最多。在整个细菌界里面,占了主要的地位。

    且慢,这些怎么听起来这么耳熟呢,这不就是达尔文的进化论么。什么过度生殖,生存竞争,适者生存。对了,就是这一套。

    以进化论的观点,在平时,没有抗生素存在的情况下,自然选择是倾向于什么都没有的,因为没有负担,所以他们会长的更健壮,更快速,也就会有更多的后代。从而,使细菌群体里面,这样的什么都没有的比例也自然会上升。而一旦有了抗生素,就出现了一个选择,你必须先应付了这个选择,才能谈到发展。所以,以前那些笑得合不拢嘴的统统倒霉了,原来那些有点小手艺的,现在却能够保命了,几个轮回下来一看,怎么大家都会这些小手艺了。这也就是为什么抗药性越演越烈的原因。

    如果再给出另外一个抗生素选择,那么这里面只会一个小手艺的不行了,多才多艺的才能活下来。再来一个,就会提出更高的要求,从而产生更加高超的选择。

    退一步说,我们不使用抗生素,那么自然选择又会退回到什么都没有的活得最好的地步。这些会手艺的所占的比例也会逐步的下降。

    但是有人要问了,是不是会有会小手艺的也变得跟以前不会的一样强壮,长得高,生得快呢?这很显然是完全可能的。我们的进化就是这样一步步得出来的。至于如何应付这样的情况,且待下文分解。

    元宝推荐:不爱吱声,

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    • 家园 好文章,不顶没人性!就要有自信
    • 家园 【妖道瞎侃】浅谈进化――从细菌的抗药性谈起 续一

      要想深入地了解一个生物个体是如何进化的,我们必须要了解这个个体是如何进行它的基本运转的。然后才可以了解一个改变对于这个个体的影响。

      一个细菌,或者说一个细胞在更大意义上更像一个梦想中的乌托邦社会。这里没有一个闲人,所有的成分,无论是蛋白质,核酸和各种碳水化合物,都在辛勤的运作。这个社会的运转是根据有着接受外部信号能力的蛋白传来的信息决定的。如果外面的环境安全,食物养分充足,那么这个社会就会向着扩增方向发展,整个细胞全力制造可以扩充的各种组分,直到达到一个临界点,然后,这个细胞内的一个信号感受器就会被触动,向决策中心报道,我们的人口已经达到100万蛋白质的规模,请求进入细胞分裂模式。进入分裂模式之后,细胞转而生产用于分裂的各种蛋白,并完成信息中心的复制工作。当信息中心复制完成之后,细胞进入调整阶段,将各种设备该保护的保护,该打包的打包,这个步骤完成之后,才进入正式的分裂状态。分裂时,生产几乎停顿下来了,因为各种设备都被打包和保护起来了。分裂完成之后,将各种物质和资源恢复原样,然后又开始生产扩增。

      如果外界的环境有变化,那么根据信号蛋白传来的信息,细胞决定向什么方向发展或者采取什么措施来应付这个变化。比如说遇到了抗生素,那么因为这种东西对于人类的细胞的影响比较小,人体内的细胞基本上可以维持原来的生活节奏。但是对于细菌来说,这些讨厌的东西严重影响了细菌的正常扩增生活节奏。那么细菌就要想个法子来应付这样的局面。

      以一个正常的细菌为例,在营养充足,没有外来威胁的情况下,每分钟的生产总能力有1万个蛋白。在这10000个蛋白里面,有30%的要用于替换已经磨损不能再使用的老蛋白,有60%用于生产新的组分,来维持扩增性的生产方式。有5%用于各种信号探测用途,还有5%可以来生产一些对于扩增性生产并不是很重要的组分,比如说一些可用于抵抗抗生素的蛋白,等等。而我们假定5%的生产能力生产出来的蛋白可以抵抗几千单位的抗生素。

      在正常的环境下,这种生产力分配方式应该说是最理想的。因为,这种分配方式既具有保守性又具有扩张性,可以兼顾生产和防卫。设想一个细菌个体完全抛弃了对于扩增性生产无用的东西,那么这个全力扩增的细菌可以有31%的蛋白用于替换, 62%的蛋白用于生产新组分。相对于同类,其速度只增加了3.3%,这个数字对于整个生产速度几乎是微不足道的。但是一旦有其他的因素影响,这个细菌很可能被打个措手不及。因为从外来抗生素被检测到到起作用,时间差往往只有几秒钟。而从头生产一种全新的蛋白,需要至少几分钟。几千单位的抗生素绝对可以把没有保护的细菌干掉,这段时间足够这个细胞死好几次了。而一直维持住生产这种可对抗抗生素的蛋白的细菌,从检测到大量生产出的第一批,只需要一分钟多一点。如果可以抗住第一波抗生素,这个细菌很可能就会生存下来。

      因此,人们对此的对策就是大大超过正常的剂量。比如说几万单位,让这种细菌5%的生产能力生产出来的蛋白根本就抗不住第一波抗生素。但是,要注意到,并不是所有的细菌都会按照所谓的最佳组合方式来生存。有一些细菌,忧患意识很强,他们往往会把自己的生产能力的一大部分用于生产可抵抗抗生素的蛋白,而只留下很小的份额给扩增。比如说30%的扩增生产,30%左右的用于生产对抗抗生素的蛋白。30%用于替换的蛋白这个绝对不能消减,消减了细菌整个生产机器就会停下来。谈何跟抗生素斗争呢。30%的用于扩增,就意味着只有同类的一半的生长速度,每一代所需要的时间加倍。咋看起来好像没有什么,但是时间一长就可以发现问题了。在正常的第二代时,其他的细菌已经有了四个后代,而这个只有两个。到了第四代时,16:4,第六代,64:8,到了第20代就是1012:1。在正常的情况下,这种把气力用来防止抗生素的细菌,在野外生存的情况下,很快就会被其他的细菌所压倒。但是在人体内部,有着大剂量抗生素的情况下,那些快速生长的都死翘翘了,这种生长得慢的反而会生存下来,只要生存下来,就有机会翻板。

      于是人们再一次提高抗生素的剂量,到压倒性。比如说几十万单位。让细菌只有全力生产抗生素蛋白才能抗的过去,甚至全力生产也扛不过去。这样就根本没有扩增。而没有扩增也意味着很快就会被消灭掉。听起来这个策略实在是不错,也在绝大多数的临床应用中被证明是有作用的。但是越来越多的病例说明,这种方法也不管用了。那么是什么在作怪呢?

      作怪的不是别的,就是抗药性的累积和变异。这也正是自然选择的作用。我们都知道每一个体都几乎是不完全一致的,正如世间没有完全一样的两片叶子一样,世间也没有两个完全一样的细菌。在一群细菌中,每一个都有自己独特的特点。而这样的每一个特点都是有一个或者几个基因所控制的,就像以前我们谈到的抗药性可以有多种方式来完成一样。而这多种方式也是有多个基因来控制的。换句话说,就是两个看起来完全一致的细菌,其实并不一样,他们两个基因组有着或多或少的区别。如果你把他们的特性一条条的仔细分析下去,总会发现不一样的地方。

      这么说来,假定我们有十亿个细菌,其中有20个细菌因为某种原因获得了抗抗生素的特性。当然,这些特性可以是一样的,也可以是不一样的。在经过了低浓度的某种抗生素处理之后,只有这20个细菌活了下来。然后他们开始增殖,产生很多的后代。很快,我们又有了十亿个细菌。这个时候,我们用低浓度的抗生素处理,是不会再有作用的,因为所有的都具有了抗性。但是我们用高浓度的抗生素的时候,绝大多数的会死掉。但是其中的小部分,就像一开始的20个细菌,已经具有了抗高浓度的特性。而这些抗高浓度的特性,并不是一开始就已经具有了的,而是在第一代抗性的基础上获得的。这就出现了第二代抗性。如果我们继续提高抗生素的浓度,那么在第二代中,也会出现某些具有超级抗性的个体,这些个体可以继续存活下来。然后,我们换一种抗生素,经过一代, 二代,很快就会发展出来扛两种抗生素的超级细菌。就这样,经过一代代的变化,最终可以发展出来具有超级多种抗性的细菌,几乎所有的抗生素都对他无效了。

      这就是进化的本质,当遇到外界的生存压力,在众多的个体中,总会有几个可以脱颖而出。而这些幸存者将保持住他们得以生存的基因信息,并在后代中进化出优化的抗性,成为超级的细菌。细菌就是这样一代代传承下来的。所有的失败者都已经死了,带走了不仅仅是失败者的肉体,还有编码他们的遗传信息。只有成功者才可以生存下来。其实从抗生素开始应用的那一天起,超级菌株的出现已经成为了必然。因为,虽然抗生素是应用在人体或者牲畜上面。但是总有低含量的残留在容器或者器具上面。而这些容器或者器具则将这些抗生素传播开来,在自然界里面产生第一步的筛选。

      我们已经说过,在正常情况下,带抗药性的细菌是竞争不过不带抗药性的细菌的。即使有带抗药性基因的细菌出现,因为两种细菌产生后代的差异,那个基因也会淹没在正常的没有抗性的基因中。但是因为我们滥用抗生素,最终导致了抗生素的大量传播,从而使整个自然选择向带有抗生素基因的方向倾斜,也就造出了越来越多的超级细菌。抗生素的滥用只不过是将这个过程加快了多。

      唯一的救药就是尽量减少抗生素的使用,这样将自然选择的方向重新拨回原有的方向,让自然选择将不带抗药性作为优势选择,来逐步降低代抗药基因的细菌在种群中所占的比例。但是,已经产生的抗药性基因,是很难被清除掉的。还记得我们计算出来的一般的细菌只有3。3%的生长速度优势,要想一般细菌压倒性的占优势,恐怕需要非常多的时间。以现在抗与不抗的各占一半为例,要想将这不抗的细菌达到90%为例,需要几百年,甚至几千年的时间。这些带抗药性基因的细菌将顽强的生活在我们的周围


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      • 家园 这个就是没贴好重码的那篇?

        上花上花

      • 家园 胡乱猜测: 细胞转入紧急状态...

        70%用于生产对抗抗生素的蛋白

        30%用于替换老旧的蛋白

        即: 不求扩增, 只求保命.

        或者干脆砌起万里长城, 彻底地闭关自守, 不与外界作信息/物质交换, 进入休眠.

        只等"野火烧不尽, 春风吹又生."

        • 家园 就象<魔兽争霸>里一样,

          市政亭一响铃, 所有的农夫, 工人都放下手里的活, 武装起来.

          • 家园 其实,游戏跟生物跟真实的社会真的好像

            想象我们的战时经济,不仅莞尔。多谢捧场!

            • 家园 所以说: 我们这个宇宙在不同层次上展现着自相似性...

              这种自相似性不仅是在"简单"结构上的, 如: 电子绕原子核转, 行星绕恒星转; 不同的基本粒子是"弦"的不同振动模式, 等等, 而且在更复杂的自组织结构上也表现得淋漓尽致, 如大作中的例子. 小僧以前看过一篇有关微生物的科普文章, 有种微生物(忘了名字了, 叫它"O"吧) 它的捕食方式象极了人类的猎人. "O"会把自己的身体做成一个圈套, 待线形虫从中爬过时 猛然收紧圈套 勒住那个倒霉的线形虫并把它"吃"掉.

              所以小僧想: 虽然物理学追求的是简单优美的普适定律, 但有可能象人类社会这种充满了勾心斗角,尔虞我诈, 貌似十分复杂的东西并不是一个孤立的偶然现象, 而是有相当的普适性. 种种风花雪月, 悲欢离合的故事很可能在不同尺度的结构上都在上演着. 这些运动模式不可否认地体现了某种规律, 而这种规律是不能由基本物理定律直接推导出的. 为什么呢? 人们熟知"势垒"的概念, 类似的还有"熵垒", 小僧提出"复杂度垒"的概念. 极端的系统复杂度隔断了尝试从基础原理出发推演该系统的规律的可能性.

              那怎样来把握这种复杂系统的脉络呢? 首先, 需要改换视角, 即: 不再把构成此类系统的单元作为孤立的研究个体, 而是把系统的不同运动模式作为研究个体. 比如, 在研究琴弦的振动时, 考虑其中的基本粒子将是毫无助益的. 当一列驻波在其上发生时, 我们可以看到有一系列零振幅的节点, 这些节点是由整条琴弦的运动模式所决定的, 故而试图找出在节点处的材料特性与别处的材料有什么不同将彻底是徒劳的--当琴弦停止振动时很容易核实琴弦的材料是均匀的, 没有任何特殊的"节点". 这个例子应该能让人明白通过解剖尸体来验证人体经络的存在(并由其徒劳无获而推论经络是子乌虚有)是如何的荒谬.

              在采用了如上的视角后, 接着进行考察, 会发现不同的运动模式之间是有相互作用的(如果没有任何相互作用, 那么该系统将是乏味的).

              (看读者反响, 决定是否值得继续)

              元宝推荐:不爱吱声,

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              • 家园 继续啊?
              • 家园 期待下文

                "势垒"和"熵垒"说到底都是能量壁垒, 我想您提出的"复杂度垒"的概念实际上应该是信息壁垒。能量壁垒决定了可能性的大小,以及可能性的种类,而信息获得的时间和可能性大小直接决定了在众多的可能性中的选择。以生物的进化为例,假定某生物遇到了某种疾病。对抗这种疾病生物有几种可能性。但是不同的可能性在使该动物在避免灭亡于该疾病之后会有不同的影响,使该动物向着不同的方向发展。所有的可能性存在的几率都是一致的,在能量上也是一致的。但是最终,必将有一种出现,并占有了主导地位。这种预测在热动力学和物理学上是纯粹的概率事件。但是在实际上,始终只有有限的几种选择作为第一选择出现。这就带来了信息影响的概念。也就是说从完全随机事件中取出几个固定的选择肯定是由某种因素所决定的。这种因素在没有被了解之前,我们称之为信息。

                在没有了解信息的本质,和如何影响各种体系的运转之前。我们还没有一个准确性的甚至是描述性的论述来说明这两者,信息和能量是如何结合到一起来影响世界的进程的。

                您认为是外来体系对于这个相对封闭的体系进行了影响,而且这个影响不是基于能量方面的,那么您认为这个影响是来自什么方面的呢?您又要如何定义这个我所谓的“信息”概念呢?

                至于您所指出的 在研究琴弦的振动时, 一系列零振幅的节点,是直接与运动有关的,于运动物体的性质也有一定的关联。但是主要还是运动的特性。那么我们就应该去研究运动而不是运动的物体。但是这个例子好像并没有说明运动模式间的相互影响。或者是您没有说清楚,或者是我没有理解您的意思。还请您再举一个例子好么?

                静待下文。

                • 家园 道长的洞察力真是敏锐!

                  贫僧尚未完全考虑好接下来怎么写, 莫催 莫催. (这是跟萨军门及其它诸位写手学的, 写到紧要关头, 先暂停一把, 吊吊大家的胃口. 不过贫僧的确不是有意为之, 而是肚里没料了 , 且待我慢慢搜索枯肠.)

                  -----------------------

                  愚以为"复杂度垒"的概念应该与"信息壁垒"密切相关, 但侧重点稍有不同. "信息壁垒"之所以成为壁垒, 是因为复杂的非线性系统能放大微细的输入差别, 也就是说, 它要求的输入信号的精度变得高, 于是输入信号的有效信息量就变得大. 解释: The entropy of a quantized continuous random variable X is

                  log(1/delta) + h(X), where h(X) is the differential entropy of X and delta is the precision of quantization. 所以 delta 越小 则信息量越大. 举个极端例子, 如果不管输入信号怎么变, 输出总为一个恒量, 那么输入的有效信息量为0. 也就没什么"信息壁垒"了, 因为这个系统毫无复杂性可言.

                  我的猜想是, 这个捉摸不定的"信息"可以被当作计算机软件一样的东西. 它们不需要特定的载体 (可以在CDRom, 硬盘, 或磁带上), 因为它们只是表征物体的运动状态, 而不是物体本身. 正是它们对应着各个系统在相空间的吸引子上的舞蹈. 或者说, 我们把这些舞蹈的模式抽象成一种"信息子", 而且这些"信息子"之间有相互作用, 它们的运动又遵从另一层次的规则...

                  琴弦的振动是个线性系统, 所以不同振动模式之间没有耦合, 这只是个最简单的例子, 用以指出运动状态的图案并不意味着运动的物体本身具有某种图案.

                  更有趣的例子(用以说明"信息子"的概念)如下: 一个党派的理念可被视作一个"信息子". 让我们来考察两个信息子, Gcd 与 Gmd. 它们可以通过书本, 音像媒介传播, 它们都拥有一定的"群众", 但又不固定于这些份子, 因为每个个人可以变换其党派的属性. 所以这种"信息子"只是对应一种运动模式, 而不是实物. 但是它们之间毫无疑问是有相互作用的, 不仅仅在这两个"信息子"之间, 而且还存在于"信息子"和它的组元(群众)之间.

                  贫僧所感兴趣的是, 在人体这个系统层次上的信息子的运动特性, 及其与人体的交互作用.

                  再写下去 可能又陷入东方神秘主义了. 所以还是以讨论的形式进行下去吧, 大家共同探讨, 共同brainstorm.

              • 家园 反响强烈,请继续

                相互作用是世界之所以存在的基础,我比较赞同这句话。

                即便是基本粒子,甚至是时间本身都无不与相互作用的相联系。

        • 家园 你是对的

          只不过细菌在人体内时,人最难过的就是细菌分裂太快。一旦细菌减慢生长速度,除非有特殊的情况,一般免疫系统会在几天之内做出反应,将细菌清除。这种藏起来是行不通的。

    • 家园 好! 期待下文
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