五千年(敝帚自珍)

主题:寰球同此凉热 -- 本嘉明

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        • 家园 本来石正丽文献中的病毒和目前病毒就有1200个核苷酸的差

          但两个病毒应该都有人传人的能力,其实一切呼吸道病毒都有人传人的能力,不然病毒不要活活困死在一个个体里面啊?

          疾控中心绝对是替领导背锅。

          不过,人传人的能力不同病毒是不同的,下呼吸道疾病一般传染能力不强是真的,疾控中心大概也没有想到这个病毒扩散能力这么强,这个锅有点大,背不动。

      • 家园 这两段有点意思,基本表明作者立场。

        事情可能是这样的:“武汉病毒所”确实搞出了这个病毒毒株,“病毒所”也确实有人偷偷把以科研名义优惠价买进的猴子倒卖到海鲜市场去,

        我倒不认为这位Baric一定就是美国特务

      • 家园 这个病毒所长的来历很有剧情啊,能烂到这份上。

        何德何才。

        • 家园 我认为石研究员的出发点是好的

          她的团队是出于“寻找压制非典病毒,预防非典东山再起”的目的,而开始这些研究的。这也是她敢于拿到国际上大大方方交流的原因。虽然她在2015年那篇PAPER,确实引起一些外国学者的不安(她找到一个损伤人类肺功能,而现存所有疫苗都不能抵抗的方法),但那个PAPER是中美合作的结晶,G2出世,谁与争锋?

          这个成果,就是一个中美一起握在手里的“恐怖平衡”,假如当年萨达姆有,撒到55万联军头上,大不了伊拉克人民跟着同归于尽,那第一次海湾战争的历史进程就彻底逆转了。

          所以即便2015年这个成果是“邪恶”的,其实也保障了世界和平,使得美军不敢来犯。因为人性之恶,只能用实力去压住。

          • 家园 想多了

            人家只是想刷顶刊,好回来评职称,申放腚”而已"

            • 家园 同意

              毕竟上了什么项目,都是国家的决定,国家的预算,不是一个人的野望。

          • 家园 如果这都能合作,也算主流已经的方向是人类命运共同体

            如果你贴的这些是真的,那么说明国际势力的主流已经早就在合作,不管是邪恶或者是其他,除了保障世界和平,间接地也是在实现人类命运共同体!

      • 家园 新冠状病毒是“人造”的证据有哪些

        能否提供一些具体的内容。这么重要的结论还是立足于实际确凿的证据,而非质疑或者推测为妥。

        • 家园 引用一家的说法

          “武汉病毒”或许是经过人工修改的,目前有两个疑点。

          第一个,哈佛等学校的学者已经指出了:多出1378对非天然的碱基对。

          第二个,印度研究人员指出的所谓“S蛋白接入了艾滋病毒的DNA”,后来印度作者把文章撤回了。

          《文学城》网站(这个网站是台湾裔美国人在美国运营的)有位博主 “马可安”解释了这两点,我把他的博文简化一下,捋一遍。我本人不是学这个专业的,不敢说对错。

          首先,在海外的朋友,可以用 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MN908947 来查询各种病毒的蛋白质和核酸序列数据,这个MN908947 就是武汉肺炎病毒的编号。

          点看全图

          武汉肺炎病毒,与一种 “舟山蝙蝠冠状病毒“(bat-SL-CoVZC45:MG772933),最为接近。这个病毒的核酸序列数据是于2018年1月5日,由南京军事医学院提交到这个国际数据库的。

          武汉病毒和舟山病毒,大约有89.12%相似度;而武汉病毒和2003年的非典病毒,则仅有82.34%的近似度。可是最令人惊异的是,武汉和舟山,这两者的E蛋白完全相符,各自有75个相同的氨基酸。

          假如单独拿出S蛋白比较,武汉病毒和舟山病毒仅有81%的相似度。而且中间有四小段插入片段,是武汉病毒的S蛋白独有,舟山病毒S蛋白没有的。这4个插入,就是印度学者质疑的人工插入物。

          比较武汉病毒和舟山病毒的核酸序列,发现有一大段是舟山病毒没有而武汉病毒被插进去的(21697-23074,长度1378个碱基对)。

          点看全图

          上图:红色部分,就是武汉病毒里那多出来的1378长度。

          从业学者搜寻比对不同病毒的蛋白质和核酸序列,可以用一个叫“BLAST”的网上工具https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi ,可以在蛋白质或核酸的页面右侧点击Run Blast。运行BLAST的时候,在空框输入具体搜寻的部位数据。

          用BLAST搜索这段1378长度的插入核酸,找不到天然类似的来源。可是它会找到一个匹配对象,就是中国科学家在1980年代做的pShuttle-SN,核酸编号为AY862402。

          这些结果表明,“武汉病毒”,有一点可能,是以 “舟山病毒”为素材,人工插入一段1378长度的核酸而合成的。

          再说说“云南蝙蝠病毒”是怎么回事。这个云南蝙蝠病毒据称是2013年被石正丽团队采集到的,编号MN996532。它和武汉病毒相似度96%,和舟山病毒的相似度仅89%,尤其是它的S蛋白,可以解释武汉病毒里S蛋白的那四个可疑插入物是自然形成,不是人工产物。可是最大的问题是,它是印度科学家即将发表论文声称武汉病毒S蛋白含有艾滋病毒插入物(就是这4个插入物)之前,由武汉病毒研究所在2020年1月27日火速递交的数据,随后印度方面就撤稿了。武汉所递交的时间点有点不同寻常。

          最后,马可安从微生物演化树的角度分析:

          点看全图

          上图里,多数分叉都可以几乎100%溯源,知道蛋白或核酸的序列来自哪个自然界的祖先,可是武汉病毒分叉的溯源率仅76%,有24%的东西讲不清楚血统。

          通宝推:逍遥蜀客,
          • 家园 再提供一些关于“插入片段”的信息

            之前说了,这1300多个碱基对位于S蛋白的前半部分。17年的文章(PLoS Pathog. 2017 Nov 30;13(11):e1006698)比较了同一个洞穴蝙蝠身上采集到的多个类萨斯病毒(SARSr-CoV)的基因组序列,可以看到S蛋白的前半部分序列差异较大(即多条曲线彼此分离的部分):

            点看全图

            而这些S蛋白的氨基酸序列存在一定的相似性(加深的区域)

            点看全图

            所以这个“插入片段”属于基因组中容易变化的区域,在不同株系的病毒中差异较大。

            通宝推:桥上,
          • 家园 感谢本兄的回复

            先花,几点讨论供商榷。

            1)武汉病毒和舟山病毒的差异

            根据你引用帖子里的方法,我先在NCBI对武汉肺炎病毒(MN908947) 进行了BLAST对比,现在除了其他武汉病毒的株系(100%),排名靠前的是舟山蝙蝠冠状病毒(MG772933和MG772934, 89%),和各种SARS病毒株系(82%)。

            点看全图

            进一步将武汉肺炎病毒(MN908947,29903个碱基对)和舟山蝙蝠冠状病毒(MG772933,29802个碱基对)进行比对,二者之间有约1300多个碱基对的差异。这个差异不是武汉病毒比舟山病毒多了一个片段(从两个病毒接近的全基因组长度也能看出不存在直接的大片段插入),而是两个病毒的这1300多个碱基对区域的核酸序列非常的不同,不能像基因组的其他区域那样同源比对在一起。

            这1300多个碱基对对应于武汉病毒中是在病毒棘突蛋白(spike)的编码区(58-513位氨基酸),当我们把武汉病毒和舟山病毒的spike蛋白序列进行比对的时候,二者的序列一致性有81%。下图只截取了前560位氨基酸序列的比对结果

            点看全图

            当我们比较编码二者spike蛋白的核酸序列时,同源比对的匹配区是从约第1540个碱基对开始,也即前面约1540碱基对的核酸序列(对应于前513个氨基酸的蛋白序列)同源性差,但蛋白序列差别相对小。在生物体中,由核酸(DNA和RNA)编码蛋白质序列,每三位连续的核苷酸序列(三联体密码子)编码20种氨基酸中的一种,或终止密码子。所以四种核苷酸组成的三联体密码子共有64种(4x4x4),对应于20种氨基酸和三个终止子,显然会出现多个三联体密码子编码同一个氨基酸的情况,即三联体密码子的简并性。在不同的物种之间,编码同一个氨基酸的各个三联体密码子的频率会有所不同,即三联体密码子的偏好性。在武汉病毒和舟山病毒序列的对比中,差异显著的核酸序列(前1540碱基对)和具有同源性的蛋白序列(前513位氨基酸)很大程度上是密码子偏好性造成的。类似地,你举的两个病毒中E蛋白的例子,二者的蛋白序列完全一致(75/75),而核酸序列略有差异(222/225),也是由于偏好性造成的。

            蛋白质作为多数细胞生化过程的执行者,其结构和功能由氨基酸序列决定,具有相似序列的蛋白质往往具有类似的结构和功能。

            2) “插入片段”与匹配对象AY862402

            对“插入片段”与AY862402进行蛋白序列,二者序列一致性为61%(如下图),低于舟山病毒(对比1)中所示的舟山spike蛋白)。这个AY862402序列是2004年12月21日提交,文章发表于Virus Res. 112 (1-2), 24-31 (2005),其中提及了载体的内容和构建目的:

            We constructed a recombinant adenovirus containing a truncated N-terminal fragment of the SARS-CoV Spike (S) gene (from--45 to 1469, designated Ad-S(N)), which encoded a truncated S protein (490 amino-acid residues, a part of 672 amino-acid S1 subunit)

            “我们构建了包含N端截短的SARS-CoV Spike(萨斯病毒棘突蛋白S)基因(45-1469碱基对,命名为Ad-S(N))的 重组腺病毒,它编码了截短的棘突蛋白S(490个氨基酸残基,是672个氨基酸的S1亚基的一部分)。”

            所以这个片段的来源是SARS病毒,不是人工合成的。

            3) S蛋白的插入片段

            印度文章的主要观点是武汉病毒的棘突蛋白S具有4个SARS没有的片段,位于约80、150、260和685位,如下图

            点看全图

            而当我们把源自武汉病毒和舟山病毒(MG772933)的S蛋白比较时,发现插入片段存在于约265、450、480、495和690位。这表明印度组所做的比对太过简略,选取的序列数量不足,放大了序列间的差异性。

            点看全图

            另一方面,他们选取的“插入片段”太短,与HIV同源性较好的片段1和2只有6个氨基酸,片段3和4长一些(8-12个氨基酸),但HIV对应片段中又出现了进一步的插入片段,而且没有全序列的比对做背景。 他们对于这些片段功能的确认方式只是基于同源建模的模拟,而缺少结构、生化和细胞水平的证据。这种同源性分析只能说聊胜于无。

            4) 云南蝙蝠病毒

            MN996532 RaTG13于2020年1月27日提交,印度研究组的预印文本是在1月31日bioRxiv上线,几天后撤稿。明显印度方面的撤稿不是由于RaTG13这个事先已经的序列,作为严谨的科研工作者,在文章上线的最后一刻应该对相关的科研进展进行复核,况且是这种实效性很强的研究,而至少3天的时间印度人都没有发现和讨论RaTG13的问题。他们的撤稿也是分析方法和结论出现了多处问题,不仅仅限于RaTG13(如 3)中的一些讨论)。所以强调RaTG13的”火速”提交与印度撤稿的关系我觉得并不能让人信服。

            5) 演化树分析

            下面Tang兄提及了溯源的问题,我就不多说了

            6) 本兄所说的

            第一个,哈佛等学校的学者已经指出了:多出1378对非天然的碱基对。

            非天然碱基对这个表述的指向性是非常强的,这个消息是否有具体的出处

            P.S.: NCBI和BLAST国内都是可以用的

            通宝推:青颍路,陈王奋起,桥上,
          • 家园 这个76%不是溯源律啊

            这个是bootstrapping 的值,是说这个进化分支的可能性有76%,也就是说你把这些标红的物种放到这个位置的可靠性是76%。

            另外,文章也说了舟山和新冠病毒有89相似,也就是有大概3000个不同,你觉得这三千个不同里有1378是一个蛋白里的插入片段的可能性有多大?

            我们也做了多序列比对,用了很多病毒,没有发现这么大的插入片段。

            另外和新冠病毒最近的不是舟山,而是云南蝙蝠,相似度96%,就是说有1200个不同,那么这1378应该在哪里丢失呢?

      • 家园 如果假设为真,只能说明党国和军方愚蠢

        这跟把空中蔡国庆送去格鲁曼改电子设备一样愚蠢。认贼为师。

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