主题：翻译一个用贝叶斯方法进行系统发育分析的软件的使用说明 -- 空格

典型的使用MrBayes程序进行系统发育分析的Bayes分析有四个步骤：

首先，读入nexus数据文件

其次，设定进化模型

然后，进行分析

最后，总结结果

下面会依次介绍每个步骤在执行中的细节内容。

1.在MrBayes> 提示符后输入execute primates.nex 命令。这将把数据导入程序中。数据文件（primates.nex）必须和程序在同一个子目录中。如果遇到了什么问题，请看2.2节有没有什么可能的解决方案。如果你运行的是自己的数据文件，请注意里面不要有可能改变程序行为的MrBayes的命令，删除这些命令，或者用中扩弧把它们注释掉。这样你就可以得到和本教程一样的输出。

2.在MrBayes> 提示符后输入lset nst=6 rates=invgamma 命令。此命令将设定进化模型为GTR模型，同时位点间速率的差异将遵循gamma分布，并有一定比例的不变位点。如果你的序列是蛋白质序列，或者或者你想使用非缺省的设定，请参考本手册其他部分，特别是3到5部分及附录。

3.在MrBayes> 提示符后输入mcmc ngen=10000 samplefreq=10 命令。这一命令将使你得到后验概率分布中的1000次抽样。如果数据集更大，则可能需要更长的时间或降低抽样的频率（目前的缺省频率是每百次抽一个样）。你可以在屏幕输出的最后一栏中看到一个预测的程序执行时间。

如果切断频率的标准变异{standard deviation of split frequencies}在100000代之后其数值小于 0.01，对程序询问是否继续的问题”Continue the analysis?(yes/no)”回复no。这样就可以终止程序。或者，继续追加世代数，直到频率值小于0.01。

4.在MrBayes> 提示符后输入sump burnin=250命令以显示分析使用的参数值（或者使用一个相当于你的样本四分之一大小的数值）。程序将给出一个样本的取代模型参数的摘要的列表。包括了每个参数的均值，模式，95％置信区间。请确认所有参数的潜在的标尺缩减参数（PSRF）{potential scale reduction factor}非常接近1.0。如果不是，就需要运行更长时间的分析。

输入sumt burnin=250（或者其他随便什么接近你样本大小25％达到数值）以分析树形。程序会给出一个包含每枝的枝长和后验概率值的进化树。此树会同样保存到文件，以用其他树形软件打开并查看，例如TreeView，MacClade或Mesquite等等。

分析过程就是这么回事，不会再复杂了。但是，熟悉了这个套路之后，读者八成会对程序执行时后台发生的事情有兴趣。本节的其他部分为您解释了每个步骤的细节内容，并介绍了在分析过程中所有的隐含假定以及MrBayes程序的设置等等你可能想知道的东西。