主题：【原创】【进化生物学】活化石的“高速进化” -- 尼伯龙根·蜗藤

即这些基因的突变普遍地可能没有在蛋白水平上产生显著后果。比如我们知道，虽然蛋白功能与构象密切关联，却并非任何一个氨基酸发生突变都能对构象／功能发生决定性的影响。

关键词：HIV

phenogenetic analysis，如果是这样的话，另外一个可能的问题源于相似性的测量。这个进化树的建立，基于物种之间的距离，也就是similarity score。而这个score的得到，需要一个矩阵，简单的应该是PAM(Percent accepted mutation)系列，但是这些矩阵是基于当前的数据结果，而并非是真正的，问题也许来源于此。

还有它的基因组有多大？如果很大的话，中性漂变发生在那些垃圾DNA上，可以抵消比较高的变异速度。