主题：【原创】大学毕业后，我决定放弃基因分子生物学（上） -- 铁手
家园 呵呵，有些东西很难讲的 我考大学的时候，生命科学，乃至计算机科学都是比较新兴的专业，招生的老师也对我们宣传过生命科学的玄妙，也曾经动过心。
但是权衡利弊之后，还是选择了比较保守的信息电子工程专业，后来由于个人兴趣，转向了偏计算机科学的方向。
当时谁能想到，多年后的今天，Biology会这么热闹，IT 世界会经历那么一个由极热到极冷的过程，世事难料阿！
对生命科学的奥妙，还是很心向往之的，其他的，就说不上什么啦，很认同rodger的说法：
生物系统显然是一个成功的系统，毕竟是经过几亿年进化的结果，自然界尝试了无数种模式，其中决大多少被淘汰，保留下来的无疑都是成功者。所以向生物系统学习可以让我们少走很多弯路。我觉得当时的浙大混合班，学生在两年基础课程以后可以选择专业，是很好的尝试。
也很喜欢在美国，本科学生不严格地区分专业的做法，
家园 不分专业的做法最适合陶渊明这类学生。 我从中学读到大学读到研究生，严格地说几乎都没有传统意义上的专业，我自己学得倒是津津有味，夸我的人说是渊博、融会贯通，骂我的人说那是浅薄、浅尝则止。
家园 与其说是成功者不如说是幸存者。 “自然界尝试了无数种模式，其中决大多少被淘汰，保留下来的无疑都是成功者。”
生物的简单复杂，低级高级都是相对于不同的自然环境而言的。进化史中有些选择是随机的，不确定的。
家园 还有一点我觉得很关键：幸存下来的，也因此具有了很大的冗余度 也就是对环境变化的容忍程度增加。这个容忍程度的增加，也是有代价，就是系统本身的复杂性也增加。
这里就有了个两难问题：要增加适应能力，系统复杂性要增加；增加了复杂性，这个系统出问题的可能性也增加。
自然界真是奇妙，给他们之间找到了平衡。
家园 这话不全对 要增加适应能力，系统复杂性要增加复杂程度和适应能力没有直接关系。最明显的例子就是病毒。人类复杂程度算高吧，一直和病毒在斗争，谁敢说就战胜了病毒？病毒和人类哪个更适应环境？只能说两者都是适应者。病毒的演化有证据表明不是从简单到复杂而是从更复杂的结构精简“退化”而来的。所以一直有学者建议不要再用“进化”这个词，而要用“演化”，因为evolution是没有方向的。只是进化这个词太根深蒂固了，要改过来很难，不过用这个词的时候得意识到，evolution并不总是“进”的。
- 复 这话不全对
家园 同意！evolution 是相对于revolution而言的 进化的“进”字应该理解为“渐”，有个逐渐演化的过程。不是突发性的革命性的突变。
在生物进化过程中，渐变和突变都是存在的。尤其是70年代以后，突变论也逐渐被接受。
我个人的理解是:进化过程就像滔滔江水，绵绵不绝。从大尺度（scale) 来看，层流（laminar flow)始终存在，同时也存在小尺度的湍流（turbulence flow)。而这些看似尺度很小的湍流，却携带了大量的能量(energy)，有的时候能够改变历史。但总的说来，能量是守恒的。
话说天下大事，分久必合，合久必分（能量守恒）
滚滚长江东逝水，浪花淘尽英雄...（进化）
一部三国把道理说透了。
家园 关于进化过程中大尺度事件的一些想法 之所以想到写这个东西，完全来自于还是不懂兄的下列话：
我个人的理解是:进化过程就像滔滔江水，绵绵不绝。从大尺度（scale) 来看，层流（laminar flow)始终存在，同时也存在小尺度的湍流（turbulence flow)。而这些看似尺度很小的湍流，却携带了大量的能量(energy)，有的时候能够改变历史。但总的说来，能量是守恒的。这些话代表了很多人的看法，也反映了目前学术界的一种观点。在单纯讨论这个观点之前，让我们先看一看进化的本质是什么。
那么进化的本质究竟是什么呢？很简单，就是编码的遗传信息被改变了。这种改变包括我们通常意义上的突变，即DNA或者RNA编码的改变，从而导致新物质的引入（突变导致的新蛋白，新RNA，新结构，新的调控方式，新的物质合成，新的信号通路的引入等等）同时也包括了遗传信息的缺失，重复，易位，新信息的引入，以及一切不同于原来事物的改变。
这些改变，造成了生物个体的一些新的性状，而这些性状，因为对于个体会造成了有利的或者不利的或者无所谓的改变，在特定的环境里，会对于此生物个体的遗传信息传递，（主要是指变异的遗传信息）造成或多或少的影响。从而进一步，影响这种改变扩散到整个种族里面的速度，进而影响这个种族在特定的环境中的生存和繁衍。以上的整个从遗传物质到种族生存的变化过程，我们称之为进化。
需要特别指出的是，遗传信息的改变完全是随机的。而外在环境则是定向的。一切的改变需要外在环境检验之后，才能得出是否对于该生物个体，以至于种族的生存繁衍有力的结论。那么我们自然可以得出结论，所谓的进化是完全处于环境的指导之下进行的。那么考虑进化的大尺度事件，就不得不考虑环境的因素。而且，这是首要的因素。
那么让我们来看一看地球从产生以来，环境的变迁。以生命出现为起点，地球环境的几个重要的变化包括：空气成分的改变，以氧气的产生，富集，并逐步被消耗为主要影响因素；大陆板块的漂移，产生不同的大气候，小气候，以及地理分割；大气温度的周期性改变；突发性事件，包括大陨石撞击地球，地磁改变，大规模火山爆发，造陆运动，等可以造成大规模灭绝产生的事件。
再来看一下生命的进化路线，在大尺度上，完全是遵循地球环境变化而来的。以氧气含量路线为例，因为空气中氧含量极低，早期的生物完全是厌氧的，从最早期的异养，到稍后些的光合自养。随着氧气含量的上升，好氧生物逐步增加。等氧气含量达到峰值的时候，甚至出现了许多极端好氧的生物，如体形超大昆虫。但随着氧含量的降低，这些极端好氧的生物逐步消亡或者演化成其他的生物。大气温度的周期性变化，则反映在动物的体形大小上面，温度越低，动物的体形越大，反之则相反。
所以，如果我们一定要给进化一个方向，那么我想，这个方向不可能有生物本身或者环境给出，而是由某些基本的规律所决定，比如说，热力学的第一第二和第三定律，耗散理论等等。这些规则决定了生物是向着更加复杂的方向在演化，就像滚滚长江奔流入海一样。虽然，有些回溯的浪花，但是大的方向是一定的。环境就像是江岸的形状，决定了水流的大尺度方向和形状，而湍流，则是突发性的事件，虽然体积，很小，但是有些时候却改变了历史。
有抄袭之嫌，莫怪，莫怪
。家园 深入浅出，受益匪浅，欢迎继续！ 本人对生物学基本上是个门外汉，全部认识来自于一些简单的科普文章，电视节目。喜欢胡乱联系，妄加评论。我个人不懂分子生物学，妄谈进化，就如同骑自行车上月球。真正是“无知者无畏”。
衷心希望生物界的朋友们多多发言，多多指教。
家园 这么说吧 选择下来的既是成功者又是幸存者。幸存者基本都是成功者，而成功者并不都是幸运者。
我同意你的看法，低等高等的说法是比较容易误导的，高等生物并不比低等生物更适应环境，其实它们都是适应各自的环境而已。生物的简单还是复杂基本上是和低等高等这个说法向对应的，也和它们对环境的适应程度无关。
家园 有时候瞎想 其实人类社会中的成功者，历史上的成王(败寇)，其实也可以说是幸运者，也许与他们有同样能力，素质的人不那么幸运，就消失了，他们是最适应环境的成功者，或者说幸运儿，只是不论用那个名词，在“适应环境”这一点上，是共同的。
家园 食肉动物个体体积和群体数量不可能太大，otherwise 哪来那么多肉养活他们。资源和食物链决定一切。恐龙灭绝可能就是这个缘故。陆地和海洋中个体最大的动物都食草。而生物量最大的就是微生物和海洋中的浮游植物。
家园 嗯，这提出了一个很有趣的题目 研究社会性生物（除人以外）的社会行为，是否会对了解人类社会的规律有所帮助呢？这就是社会生物学的研究方向。下星期开始我转载两本相关的书如何？
家园 的确是个有趣的题目，社会性生物与人的区别 我想大概是在于人具有一种主观能动性，也就是人会有个“欲望”的突破，不单单是丰衣足食就能够满足。
了解社会性生物的规律，可能会对计算机、人工智能等等有帮助。对人类社会，可能还是有限。
如果可能的话，贴一些链接也可以。