主题：【整理】说说最近有关biocomputing的事情 -- 喜欢喝冰茶
通用软件通常不会给做实验的童鞋们，特别是临床样品这类的实验有太深入的帮助，很多时候一定要做计算和做实验的都非常深的卷进去才可能成功。这里面呢有些利益上的问题，传统上，实验是第一位的，做实验的童鞋总觉得做计算的就是按几个button或者写几行code完事儿，如果说干这活儿的是个master的话，这理解也还凑合，可是如果换成个phd就有点儿扯了。很多时候，特别的问题是一定要特别处理的，别忘了任何数学方法都是有前提得。如果计算的真想帮忙，那同样要看很多相关文章，真正理解这个问题的核心和挑战，然后就问题本身想具体的解决方案。这个心血和精力一点都不见得比做实验的童鞋们少，虽然他／她不用晚上熬夜去实验室，但是思考本身，一样不少，甚至更多。这个时候，如果成果出来，其实是双方的心血，但是呢，现状是做计算的童鞋们呢总觉得自己被排斥，看看NCS上实验和计算都有的paper里，计算这块儿做co－1st author有几个？当然，可以说实验是最重要的，可是如果没有后期真正下工夫的数据分析，只给你几十个G的shortreads，你还能claim你的发现吗？做计算的童鞋们付出一样不少啊，不信？做实验的童鞋们可以找两篇计算领域里的比较偏理论的paper弄明白它的算法，就知道做计算的搞明白具体的生物或者医学项目里细节有多痛苦了。做计算这行里，要是生物和计算都得有sense的，training的时间一个普通的phd是不够的。你觉得学门biochem和mole bio就会有bio sense有点儿太乐观了吧。不信做实验的童鞋们去和computer science里面号称做bioinfo的聊聊，看看你们要能互相理解对方得交流到什么程度。还有一个例子就是很多实验室找公司来处理数据，但是有几个真正会很深的涉及项目，因为不好收费啊。在计算生物学领域，像S那篇提到的计算方法，不是没有商业软件的，cluster也不是个问题，但是做那行的公司很少，主要就是如果想出东西，需要一个fulltime phd level employee全身心投入，可这钱怎么算？一小时收200刀不算贵吧，你要让一个完全不了解你那行的达到能够明白问题的关键，估计至少得准备个7、8万付人工资吧，再加上计算成本，100k至少的，可您一个R01剥了皮之后一年还剩多少钱？听有朋友抱怨说，做实验的宁肯让试剂公司敲竹杠，却和做计算的斤斤计较，呵呵，所以很多项目都没法做。这东西某种意义上是个观念问题，现在木办法。
这里面的关键是争夺跨学科协作的领导权和话语权的问题。在基因组与疾病研究的领域，已经在很大程度上被遗传学家和统计学家领到岔路上去了。
ion torrent 一次反应产生100，000 reads,每条长为100，离测完individual genome还很远吧
据Abi的人说，316或者更新的要更强大些，不过你知道illumina的人怎么评价这件事儿？他们说，没上市的东西，呵呵，不能评价
倒很想知道做实验的童鞋们，假如两种实验技术的贡献一样大，其中一种自己做不了，那这paper怎么写？
这年头总是以前的方法搞不定，正好新出的方法在某些方面有优势，所以嘛，大家就找些事儿来做了，谁叫NIH也支持来着。
我们被忽悠着用他们的SOLiD测序，他们自己说测序准确度很高，结果测出来的reads只有10%左右可以用，其它根本map不到原来的基因组上
Illumina还是大头儿，abi收ion torrent大概想抢点儿卖点。我听了两次同一个地区经理的presentation，人家就敢喊Genomic Physician，NIU吧。
个人感觉上，454和PacBio的长片断还是比较有用，不过前者技术上如果不能消除夹带私货的问题，还是很少人用，而后者整个儿一闷声发财的说。不过就后期处理而言，更看好Roche，你看它买了谁做bioino的研发，再看看谁在那里当头儿就知道了。
SOliD和454市场占有率各20%左右
454最近在和DNA electronics合作，研究Semiconductor-Based Sequencing，这一技术也是ion torrent在使用的技术，看来roche是有意解决homopolymer的问题。
"你看它买了谁做bioino的研发，再看看谁在那里当头儿就知道了"这个能展开具体说说吗？挺有意思的。
北有genentech，南有amgen。现在前者已经是roche旗下的，而且去年就网罗了R和BioC的创始人，手下还是很有一批人的。如果454能在技术上做好的话，那么roche是最有可能提供一套比较令人满意解决方案的。
ION TORRENT 和DNAe的事稍微知道一点
两者基本技术类似，利用ISFET 做测量(可以查到），可以将尺寸做得很小。多小？嘿嘿。看过ION TORRENT的一些信息，非常惊讶他的系统整合，当然现在肯定还不成熟。
个人觉得固态电子,微电子与测序的结合，绝对是检测手段的一个飞跃。当然随之而来的就是biocomputing的噩梦。
有时候就很着急国内相关的研发，这些东西对生物技术，医疗保健有太大的帮助了。万一将来这些东西不给进口，差距就一下子来开了。
http://www.nejm.org/doi/pdf/10.1056/NEJMoa1012928
平均1000bp，最多2000，令人印象深刻，并且向10k冲击，初期alignment算法又要改了。