主题：寰球同此凉热 -- 本嘉明

“武汉病毒”或许是经过人工修改的，目前有两个疑点。

第一个，哈佛等学校的学者已经指出了:多出1378对非天然的碱基对。

第二个，印度研究人员指出的所谓“S蛋白接入了艾滋病毒的DNA”,后来印度作者把文章撤回了。

《文学城》网站（这个网站是台湾裔美国人在美国运营的）有位博主 “马可安”解释了这两点，我把他的博文简化一下，捋一遍。我本人不是学这个专业的，不敢说对错。

首先，在海外的朋友，可以用 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MN908947 来查询各种病毒的蛋白质和核酸序列数据，这个MN908947 就是武汉肺炎病毒的编号。

武汉肺炎病毒，与一种 “舟山蝙蝠冠状病毒“（bat-SL-CoVZC45：MG772933），最为接近。这个病毒的核酸序列数据是于2018年1月5日，由南京军事医学院提交到这个国际数据库的。

武汉病毒和舟山病毒，大约有89.12%相似度；而武汉病毒和2003年的非典病毒，则仅有82.34%的近似度。可是最令人惊异的是，武汉和舟山，这两者的E蛋白完全相符，各自有75个相同的氨基酸。

假如单独拿出S蛋白比较，武汉病毒和舟山病毒仅有81%的相似度。而且中间有四小段插入片段，是武汉病毒的S蛋白独有，舟山病毒S蛋白没有的。这4个插入，就是印度学者质疑的人工插入物。

比较武汉病毒和舟山病毒的核酸序列，发现有一大段是舟山病毒没有而武汉病毒被插进去的（21697-23074，长度1378个碱基对）。

上图：红色部分，就是武汉病毒里那多出来的1378长度。

从业学者搜寻比对不同病毒的蛋白质和核酸序列，可以用一个叫“BLAST”的网上工具https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi ，可以在蛋白质或核酸的页面右侧点击Run Blast。运行BLAST的时候，在空框输入具体搜寻的部位数据。

用BLAST搜索这段1378长度的插入核酸，找不到天然类似的来源。可是它会找到一个匹配对象，就是中国科学家在1980年代做的pShuttle-SN，核酸编号为AY862402。

这些结果表明，“武汉病毒”，有一点可能，是以 “舟山病毒”为素材，人工插入一段1378长度的核酸而合成的。

再说说“云南蝙蝠病毒”是怎么回事。这个云南蝙蝠病毒据称是2013年被石正丽团队采集到的，编号MN996532。它和武汉病毒相似度96%，和舟山病毒的相似度仅89%，尤其是它的S蛋白，可以解释武汉病毒里S蛋白的那四个可疑插入物是自然形成，不是人工产物。可是最大的问题是，它是印度科学家即将发表论文声称武汉病毒S蛋白含有艾滋病毒插入物（就是这4个插入物）之前，由武汉病毒研究所在2020年1月27日火速递交的数据，随后印度方面就撤稿了。武汉所递交的时间点有点不同寻常。

最后，马可安从微生物演化树的角度分析：

上图里，多数分叉都可以几乎100%溯源，知道蛋白或核酸的序列来自哪个自然界的祖先，可是武汉病毒分叉的溯源率仅76%，有24%的东西讲不清楚血统。

她的团队是出于“寻找压制非典病毒，预防非典东山再起”的目的，而开始这些研究的。这也是她敢于拿到国际上大大方方交流的原因。虽然她在2015年那篇PAPER，确实引起一些外国学者的不安（她找到一个损伤人类肺功能，而现存所有疫苗都不能抵抗的方法），但那个PAPER是中美合作的结晶，G2出世，谁与争锋？

这个成果，就是一个中美一起握在手里的“恐怖平衡”，假如当年萨达姆有，撒到55万联军头上，大不了伊拉克人民跟着同归于尽，那第一次海湾战争的历史进程就彻底逆转了。

所以即便2015年这个成果是“邪恶”的，其实也保障了世界和平，使得美军不敢来犯。因为人性之恶，只能用实力去压住。

何德何才。

如果你贴的这些是真的，那么说明国际势力的主流已经早就在合作，不管是邪恶或者是其他，除了保障世界和平，间接地也是在实现人类命运共同体！

石正丽在2015年11月9日在自然医学上发表文章，修改后的冠状病毒，具体的基因编码，到现在都没有公布？

我感觉是这样的，石正丽修改了冠状病毒，并且将病毒提供给了美国人。

武汉2019-nCoV病毒最初爆发的时候，石正丽以为是病毒所的病毒泄露（试验的野生动物被当成野味卖到了海鲜市场）。

中国疾控中心来了，跟石正丽沟通，1.0版的病毒是不会人传人的。

中国疾控中心受石正丽诱导，为了帮病毒所捂盖子，做出了不会人传人的决定。

但是，实际上，2019-nCoV是石正丽修冠状病毒1.0基础上的升级版，是2.0病毒，这个病毒传染性和危害性更大。

石正丽和CDC 为了掩盖真相，在病毒大规模扩散的情况下，也没有勇气讲出真相。

但两个病毒应该都有人传人的能力，其实一切呼吸道病毒都有人传人的能力，不然病毒不要活活困死在一个个体里面啊？

疾控中心绝对是替领导背锅。

不过，人传人的能力不同病毒是不同的，下呼吸道疾病一般传染能力不强是真的，疾控中心大概也没有想到这个病毒扩散能力这么强，这个锅有点大，背不动。

这个是bootstrapping 的值，是说这个进化分支的可能性有76%，也就是说你把这些标红的物种放到这个位置的可靠性是76%。

另外，文章也说了舟山和新冠病毒有89相似，也就是有大概3000个不同，你觉得这三千个不同里有1378是一个蛋白里的插入片段的可能性有多大？

我们也做了多序列比对，用了很多病毒，没有发现这么大的插入片段。

另外和新冠病毒最近的不是舟山，而是云南蝙蝠，相似度96%，就是说有1200个不同，那么这1378应该在哪里丢失呢？

如果真能这么干，那说明病毒所管理混乱，出现了纰漏。但是目前也没有管理混乱的证据。只是有人发文说病毒所的所长王延轶是靠裙带关系上位，她老公舒红兵是中科院院士。

但靠这两点也无法证明病毒所管理混乱。

先花，几点讨论供商榷。

1）武汉病毒和舟山病毒的差异

根据你引用帖子里的方法，我先在NCBI对武汉肺炎病毒(MN908947) 进行了BLAST对比，现在除了其他武汉病毒的株系(100%)，排名靠前的是舟山蝙蝠冠状病毒(MG772933和MG772934, 89%)，和各种SARS病毒株系(82%)。

进一步将武汉肺炎病毒(MN908947，29903个碱基对)和舟山蝙蝠冠状病毒(MG772933，29802个碱基对)进行比对，二者之间有约1300多个碱基对的差异。这个差异不是武汉病毒比舟山病毒多了一个片段（从两个病毒接近的全基因组长度也能看出不存在直接的大片段插入），而是两个病毒的这1300多个碱基对区域的核酸序列非常的不同，不能像基因组的其他区域那样同源比对在一起。

这1300多个碱基对对应于武汉病毒中是在病毒棘突蛋白(spike)的编码区(58-513位氨基酸)，当我们把武汉病毒和舟山病毒的spike蛋白序列进行比对的时候，二者的序列一致性有81%。下图只截取了前560位氨基酸序列的比对结果

当我们比较编码二者spike蛋白的核酸序列时，同源比对的匹配区是从约第1540个碱基对开始，也即前面约1540碱基对的核酸序列(对应于前513个氨基酸的蛋白序列)同源性差，但蛋白序列差别相对小。在生物体中，由核酸(DNA和RNA)编码蛋白质序列，每三位连续的核苷酸序列(三联体密码子)编码20种氨基酸中的一种，或终止密码子。所以四种核苷酸组成的三联体密码子共有64种(4x4x4)，对应于20种氨基酸和三个终止子，显然会出现多个三联体密码子编码同一个氨基酸的情况，即三联体密码子的简并性。在不同的物种之间，编码同一个氨基酸的各个三联体密码子的频率会有所不同，即三联体密码子的偏好性。在武汉病毒和舟山病毒序列的对比中，差异显著的核酸序列(前1540碱基对)和具有同源性的蛋白序列(前513位氨基酸)很大程度上是密码子偏好性造成的。类似地，你举的两个病毒中E蛋白的例子，二者的蛋白序列完全一致(75/75)，而核酸序列略有差异(222/225)，也是由于偏好性造成的。

蛋白质作为多数细胞生化过程的执行者，其结构和功能由氨基酸序列决定，具有相似序列的蛋白质往往具有类似的结构和功能。

2) “插入片段”与匹配对象AY862402

对“插入片段”与AY862402进行蛋白序列，二者序列一致性为61%(如下图)，低于舟山病毒(对比1)中所示的舟山spike蛋白)。这个AY862402序列是2004年12月21日提交，文章发表于Virus Res. 112 (1-2), 24-31 (2005)，其中提及了载体的内容和构建目的：

“我们构建了包含N端截短的SARS-CoV Spike（萨斯病毒棘突蛋白S）基因（45-1469碱基对，命名为Ad-S（N））的 重组腺病毒，它编码了截短的棘突蛋白S（490个氨基酸残基，是672个氨基酸的S1亚基的一部分）。”

所以这个片段的来源是SARS病毒，不是人工合成的。

3) S蛋白的插入片段

印度文章的主要观点是武汉病毒的棘突蛋白S具有4个SARS没有的片段，位于约80、150、260和685位，如下图

而当我们把源自武汉病毒和舟山病毒(MG772933)的S蛋白比较时，发现插入片段存在于约265、450、480、495和690位。这表明印度组所做的比对太过简略，选取的序列数量不足，放大了序列间的差异性。

另一方面，他们选取的“插入片段”太短，与HIV同源性较好的片段1和2只有6个氨基酸，片段3和4长一些(8-12个氨基酸)，但HIV对应片段中又出现了进一步的插入片段，而且没有全序列的比对做背景。 他们对于这些片段功能的确认方式只是基于同源建模的模拟，而缺少结构、生化和细胞水平的证据。这种同源性分析只能说聊胜于无。

4) 云南蝙蝠病毒

MN996532 RaTG13于2020年1月27日提交，印度研究组的预印文本是在1月31日bioRxiv上线，几天后撤稿。明显印度方面的撤稿不是由于RaTG13这个事先已经的序列，作为严谨的科研工作者，在文章上线的最后一刻应该对相关的科研进展进行复核，况且是这种实效性很强的研究，而至少3天的时间印度人都没有发现和讨论RaTG13的问题。他们的撤稿也是分析方法和结论出现了多处问题，不仅仅限于RaTG13(如 3)中的一些讨论)。所以强调RaTG13的”火速”提交与印度撤稿的关系我觉得并不能让人信服。

5) 演化树分析

下面Tang兄提及了溯源的问题，我就不多说了

6) 本兄所说的

非天然碱基对这个表述的指向性是非常强的，这个消息是否有具体的出处

P.S.: NCBI和BLAST国内都是可以用的

既然这里有真懂行的，要把这个楼继续往上砌的话，我也得认真一点，所以我就去把2015年那篇NATURE的PAPER找来看了。

很感慨啊。

首先，《nature》是比《英格兰浪人报》上档次。太医院荞鸡-高拉了几个从七品御医，攒的那个《度支核数折》，也就掺了点珠算口诀，那个朕还看得懂。《Nature》太硬核了，太子太傅没教过，朕真的泪目。

但是我能八卦，呼朋引伴请教一番，多少看出字缝里写了什么。

最重要一点是，我之前犯了个错误。2015年那个Paper，石研究员不是“并列通讯作者”，通讯作者是第一位VDM和最后一位RSB。石排在倒数第二位，用一个“&”，与RSB并列，我一个粗心，就以为她是“并列通讯作者”了。

这个实验项目，就是通过嵌合的方式，“行上帝所行之事”，创造生物。美国银的出发点非常有意思，就是“模拟未来可能会出现的危险微生物”，志愿充当“蓝军”去朱日和耍耍。这个脑回路之清奇，我到现在都没有想明白。但是这个项目，是正儿八经经过北卡罗莱纳大学基因工程系，北卡大学，美国卫生总院（NIH），操蛋处（CDC，当然这是美国操蛋处，这里还轮不到中国操蛋处蹭热度）等等层层审批，才立项的。资金来自卫生总院和中国国家自然科学基金。这可以从论文里“SARS-CoV is a select agent”和“Acknowledgments”这二节里看到。

在美国，大学的生物科技实验室，都是P2或者P3级别。这就产生了一个怪现象，这个Case，以北卡大学的P3实验室为主导，而辅助者，居然是中国唯一的P4实验室。这就好比运-12飞机，在哈飞总装，但机翼是由波音西雅图供应的。这个倒转的原因，就是中国的科研人员还没有经验，只能靠 “带资进组，带设备进组”，拿一个“第二女配角”的戏份。

技术上讲，非典级别的“变态病毒”，是可以在P3实验室分拆组装着玩儿的。但因为Sars病毒非常具危险性，这种刀尖跳舞的活儿，最好还是放在P4，因为P4的“防泄漏”安全系数要高很多。这个项目，基本全程在美国P3实验室完成，包括用老鼠做活体实验。“SARS-CoV is a select agent”这一节里，一再强调该州立大学实验室管理的完备性，就是在“硬件级别”这一点上心虚。这说明武汉病毒所确实非常弱势。

那么石研究员起了什么作用呢？第一，带资。第二，拆分组合非典这种高危级别的病毒，必须由能处理此类病毒的实验室，把病毒里面的所有基因打散克隆出来，再把“散件”提供给没有处理整株病毒能力的实验室作研究，比如去开发疫苗抗体。武汉P4，等于是台积电这样的芯片厂，把SARS病毒的基因分拆克隆好后，像成品芯片一样，供应给美国P3们，去组装成Iphone。

在这个项目里，石团队额外还做了一个工作，她做了一个试验，拿到一个数据。这个数据在Supplementary Figure 1里面，不能算是文章的核心数据。

石团队这个子项目，不是用美国人组装完了的，有传奇意义的“人造病毒”直接作活体试验，而是用实验室最常规的Lentivirus来模拟测试感染能力，这方式又称为Pseudovirus。

简单说，整个项目中， “搭积木”的所有关键桥段，武汉P4实验室插不上手。在《nature》这样硬桥硬马的平台发Paper，会要求写明每个作者的贡献，在Author Contributions这一节里，描述得非常清楚，中方就是一个石，一个葛姓实验室操作员。

第二，说说资金。NIH在2013年就启动这个项目，给了资助。但到了2014年，由于学术界对于这种 “没有威胁，创造威胁也要上”的马鹿魔幻，相当反感，结果NIH犹豫了，重新审核，但最后还是放行了，因为前期的钱已经被北卡的蛋头骗子们骗走，不走完对不住纳税人。但是在信仰上帝的煎熬中，NIH一等北卡出了Paper，就卷铺盖走人，发誓再不造上帝的反了。如果北卡不忘初心，砥砺前行，那么一则，按照蛋头骗子群里的江湖道义，这个Idea是北卡的，石团队不可以窃取；二则，石团队就算窃取，再怎么赶，肯定比北卡要落后好几年，轮不到你再上春晚。但恰恰是北卡没有资金，被迫歇菜了（但美国军方未必歇菜），那么石团队就理直气壮 “拿来”了，反正病毒所完颜铁所长除了拉大提琴，其他懂得有限，哪里压得住下面的石大帅。

先八卦到这里。

北卡利用武汉提供的配件捣鼓的玩意不一定只有论文上的那些，更不一定全部告诉武汉P4。实际上北卡团队都做了什么，只有他们自己知道。

但中国自己一定不能自废武功转移产业去国外。

产业可以提高质量，但不能废，还必须尽可能的完善产业配制。