五千年(敝帚自珍)

主题:【原创】搭积木 -- 喜欢喝冰茶

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家园 ab initio

ab initio似乎是拉丁文,在计算化学里是从头计算法的意思,也就是说从最基本的薛定谔方程算起,有点终极武器的意思。不过在大多数体系里面直接求解这个方程根本就是不可能完成的任务,于是就引入了各种近似,密度泛函之类的。虽然有这种种近似,但它们还是以基本的量子力学方程为基础的,所以还叫“从头计算”。与之相对应的是基于各种势函数的计算,比如就用莱纳德琼斯势来*近似*计算两个原子间的相互作用,而不再通过量子力学求解来计算。各种势函数大大减少了实际体系需要的计算量,使得很多问题的*近似*求解成为可能,但是势函数的形式和所用参数直接决定了计算结果的准确/近似程度,所以人们花了很大的精力来发展各种势函数,其中有很多都是用于计算生物学的。这是因为计算生物学研究对象的规模和复杂程度远远超过计算化学和计算材料学,所以往往更需要借助于势函数。原文中提到的模型:

每个氨基酸用一个点表示,之间用线相连,这些点可以移动,然后定义一些能量函数,例如我们都知道同性电荷相斥,所以两个都带正电的不直接相连的氨基酸不太愿意呆在一起,那么就可以定义如果两个同性电荷靠在一起,就设成一个正数,而异性电荷则设成负值
属于非常简陋非常原始的势函数,这样的计算在生物里叫做ab initio,让我感到有些惊讶,所以啰嗦这么多说说我这个非生物人士对ab initio的理解。

另外,

就是当能量增加的时候,不是简单的舍弃这种构象,而是引入一个概率能量因子,它给新老状态的能量相关,然后随即产生一个概率,比较它们以决定取舍,从而降低陷在local minimum的概率。
应该就是说的Monte Carlo方法吧

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