主题：从蚂蟥来源的血栓类药物 -- 立秋

我刚刚看了Hirudin和凝血酶复合体的结构，N－端的3个氨基酸看样子正好是结合在凝血酶的活性位点上的。凝血酶是一种蛋白酶，正常情况下它的底物是一个肽段，在活性位点被切掉，而hirudin的N－端3个氨基酸把这个位置给堵上了。我觉得改变这3个氨基酸似乎不应该影响多聚体的形成。首先，3个氨基酸是很短的，不大可能为二聚化提供足够的亲和力；其次，在一个蛋白末端，又没有结构约束的一小段肽是不大可能有稳定的结构的。如果这3个氨基酸参与了二聚体的形成，NMR应该能检测到三个氨基酸都受到结构约束（NMR constrains）。而1989年hirudin的NMR结构已经表明至少hirudin的头两个氨基酸在溶液里是没有稳定的结构的（外链出处）。

我查了一下，从蚂蝗来的hirudin，是一些序列上略有不同的变体的混合物（外链出处），最主要的区别是，它们在N－端的3个氨基酸有些不同。前面说了，这3个氨基酸也正是结合凝血酶的关键部分。最早发现的是序列是VVY，然后又发现了有ITY，VSY这样的不同序列，而它们都是自然状态下的蚂蝗产生的。我不知道那个专利用的是什么，不过我感觉似乎N－端3个氨基酸并不关系dimer的问题，而是有关这些isoform与凝血酶的亲和力。

另外我有些好奇，你们是用什么办法把重组表达的hirudin的N－端切到这3个氨基酸的？从hirudin和凝血酶的复合体结构看，好像N－端如果多一两个氨基酸，就不成了，而常用的酶似乎经常都带点尾巴,您们用factor Xa或者EK？