主题：【原创】【进化生物学】活化石的“高速进化” -- 尼伯龙根·蜗藤

蜗藤兄关于美国民主党初选的文章我一直在看，很喜欢。不过这篇文章有些观点我不太赞同：

1.关于新陈代谢，世代长短和（分子）进化速率的关系并不是确定的，最多只能说相互之间有一定关系，更不是决定性关系。而且在学界这也只是一派观点，甚至不是多少人的观点，又何来“人们一直认为”呢？

2.木村本人都认为中性学说和自然选择并不矛盾。中性学说的论点是在分子水平上的多数变化是中性的，不受选择的。它并不排除存在少数变化确实是受到自然选择的。

3.“由于分子进化和形态进化上的关系还没有令人满意的答案，这种严重依赖分子进化的方法真的可靠吗？”我们说的“可靠”是相对的“可靠”。分子进化相对来说还是比较“恒定”的，所以才有“分子钟”的概念。形态的变化一是不好量化，而是变化太大，连“钟”的影子都没有。你说哪个更可靠呢？再说了，尺有所长寸有所短，“分子钟”一般也就用在近缘生物的分化时间估计上。对于远源生物的分化时间估计，有明确化石分化时间的就直接使用化石分化时间，如果没有的则通常必须用到某些已知的化石分化时间来scale。

4.关于哺乳动物爆发式发展和分子树指示时间的矛盾，我听说过，不过没有研究过各方的论点。不过就我自己看来，这并不难解释。通常我们所用分子树的方法并不假定种群大小的。其实这个没什么错，因为分子树本身的使用范围是在近缘种之间，假设群体大小基本不变基本可行。不过对于爆发式增长的群体，实际的树高是大大缩短的。在这种情况下如果要定时间，必须要考虑群体增长的因素。这就是为什么如果不考虑爆发式发展做出来的树会跑到实际分化时间早很多地方的原因。

我认为分子钟的可靠性对于近缘生物还是很高的，远缘生物有一定参考价值但是可靠性可能大打折扣。目前确实存在分子进化树被不恰当的“滥用”的情况出现。主要的原因恐怕还是用起来太方便了。:)