主题：【原创】【进化生物学】活化石的“高速进化” -- 尼伯龙根·蜗藤

你的讨论很仔细，也相当有价值。

1.论文作者的所作的DNA测序并不是对如你所说的DNA全长的测序，而是对线粒体的一段进行测序。所以不存在你说的转移子和垃圾基因的问题。

2.你的意见和我的相同，进化的标准和时间应该按照形态学和化石为标准。这点我的态度很明确。不过分子进化和形态进化的关系确实是争论不休的问题（也是这篇论文的意义所在），所以我说科学家一直困惑并不不对。

3.你解释的是重要基因的问题。但是中性漂移说解释的是相对而言不重要的基因和序列的演变问题，（所谓中性就是这个意思）。很多蛋白质序列有异，但是功能相似，如何解释这些没有显著差异的基因在进化中的分化呢，就是中性漂移的着眼点。在解释这类问题上中性漂移（经过改进的）是很成功的。在分子层面，如何把解释分子进化的中性飘移和形态进化的自然选择完美地结合，目前还是进化生物学的任务。

4.十几年以来的分子测序和对比测定分化时间并没有把所有基因都混在一起比较。绝大部分都是挑选几个特定蛋白进行的。所以没有你说的“另一个错误的问题”。样本是不是太少我倒不知道。它的可靠性的质疑并非始于这篇论文。我举的另一个哺乳动物的例子也是一个很热的争论点。但是如果你在3中说的是正确的话，那么利用沿用十几年的分子对比和测序的结果就会更加不可靠。因为他们检测的只是少量蛋白，可能根本对于形态的变化毫无作用。

5.你这个说法是有可能的，也没有查到相关结果。但是同样是爬行动物，蛇和蜥蜴的也存在温度低的问题，但是它们的分子进化率都和牛，马等近似。这个说明低温不一定是高进化率的原因。

当然，任何论文都是一家之见，继续讨论是有益的。