主题：【原创】新冠病毒起源小议 -- 澹泊敬诚
最近关于武汉新冠病毒的争论很多，其中之一就是该病毒是否由实验室有意改造出来的。很有意思的是，学术界大多认为新冠病毒是自然产生的，比如最近在《柳叶刀》(The Lancet)上一些科研工作者的联名声明
Statement in support of the scientists, public health professionals, and medical professionals of China combatting COVID-19
https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(20)30418-9/fulltext
同时各种病毒人造和背后阴谋的说法也层出不穷。我看来，这是个无趣也有趣的争论，无趣在于人造与否很难被证实：如果不是人造，如何证明天然的东西不是人造的；如果是人造的，这么重大的阴谋怎么会这么容易被识破。二者都难有确凿的证据，争论往往成为信者恒信，不信者恒不信的循环。而有趣的是，在这种争论中，双方各以什么样的“证据”来支持自己的观点。坦白地说，证明病毒人造需要提供全面且坚实的证据，而不仅仅是零星的质疑，所以要更难一些。
前两天，在预印本杂志 上发表了讨论新冠病毒起源的文章
The Proximal Origin of SARS-CoV-2 (http://virological.org/t/the-proximal-origin-of-sars-cov-2/398)
简要的内容摘录如下
1.SARS-CoV-2受体结合域的突变
冠状病毒S蛋白与ACE2受体结合的关键部分为受体结合域（RBD），RBD中的6个氨基酸残基决定了冠状病毒感染宿主的物种范围,新冠病毒的这六个氨基酸残基的前五个都与非典病毒不同，同时后五个氨基酸残基又和菊头蝠冠状病毒不同，这解释了新冠病毒与人类、非人灵长类、雪貂、猪、猫等ACE受体具有高亲和性，但对于其他ACE受体同源性低的物种感染性低，比如啮齿目和果子狸。
非典病毒 Y442, L472, N479, D480, T487, Y491
新冠病毒 L455, F486, Q493, S494, N501, Y505
但是，新冠病毒的突变在自然界有相似的例子。例如，新冠病毒S蛋白中第486位残基的苯丙氨酸（F486）突变，在实验室培养SARS-CoV的过程中也出现了，在另外几种蝙蝠冠状病毒中也发现同一位点的突变。可以说，这种突变是向着感染人ACE2方向进化而去的自然选择的结果。
并且，新冠病毒RBD与ACE2的亲和力虽高，但与之前基于ACE2受体蛋白的三级结构预测的最佳配体氨基酸序列差异显著。这表明这个序列至少不是基于已有的对于ACE2受体蛋白信息，或我们对于蛋白-配体作用的理解和算法得出的。也就是说，这个序列超出了我们现在的预测和设计能力，所以应该不是直接人造设计的。
2.SARS-CoV-2的多碱基切割位点插入
新冠病毒在刺突蛋白Ｓ1和S2亚基交界处插入了一个多碱基切割位点（RRAR），可能导致其附近还有三个残基发生糖基化（即被多糖修饰），这在其他beta-B系冠状病毒中从未出现过，其作用也尚未可知。类比于禽流感病毒中负责细胞融合和病毒入侵的血凝素蛋白（HA），其多碱基切割位点，能够促进病毒的快速复制和传播；RRAR越多，病毒致病性越高。
作者总结新冠病毒非人造起源的主要理由：如果新冠病毒是人造的，那么（1）新冠病毒中S蛋白与ACE2受体的方式与我们能够预测的优化模式不符; (2)在病毒基因组中没有找到基因改造的痕迹。
As noted above, the RBD of SARS-CoV-2 is optimized for human ACE2 receptor binding with an efficient binding solution different to that which would have been predicted. Further, if genetic manipulation had been performed, one would expect that one of the several reverse genetic systems available for betacoronaviruses would have been used.
土鳖抗铁牛
- 相关回复 上下关系8
🙂【原创】新冠病毒起源小议
🙂新冠小议（三）制造与改造 16 澹泊敬诚 字5106 2020-04-20 22:29:31
🙂新冠小议（二）基本信息 20 澹泊敬诚 字5225 2020-04-20 10:27:48
🙂待认可未通过。偏要看
🙂中科院西双版纳园发现：华南海鲜市场不是病毒源头 4 小泽珍珠 字1500 2020-02-22 08:32:20
🙂中科院的COVID-19演化路线和暗藏杀机的结论 5 海上金流彩云乱 字1709 2020-02-22 11:29:36
🙂你没读懂这篇文章 2 夜如何其 字94 2020-02-22 12:50:34
🙂倒数第二段信息量很大 5 发了胖的罗密欧 字873 2020-02-22 10:13:04