五千年(敝帚自珍)

主题:【原创】创造生命还是山寨生命,这是个问题 -- 二胡

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            • 家园 那个Collins Francis

              就是现在NIH的头,这老头不管多忙,每天晚上必需要等到11:30看talk show,看到凌晨再睡,然后早上5点到5点半起床,一大早开一辆红色的哈雷去他马里兰的办公室上班。要按照中医说要睡子午觉的说法,Francis早就应该完蛋了,看来人和人就是不一样的。

              那个安神补脑液这么好?赶明我去研究研究,看看能不能提出个把drug来市场化

              • 家园 中国十六个重大科研专项里包括中药的机理研究

                你要是能挤进去的话,也就不用在美国混了,经费情况好过美国

      • 家园 太牛了,原来科技也可以这么传奇

        这样的牛人故事该多发,比那些青春偶像剧强多了

      • 家园 看完的感想

        卡斯特罗威武!小白牛X!!Craig忒个性了!!!

      • 家园 揉了揉眼

        300台测序仪,每台30万,应该9000万啊,咋就十个亿呢?人民币也差远了,后面有什么猫腻?

        写得真好,献花。回帖竟然还有赚的:

        恭喜:你意外获得【铢钱】四个

        帖子已经成功发表到版面 【科技探索】 中。请 [查看所发内容] 以确保无误

      • 家园 是白脱,而不是白江

        因为Craig命中的贵人,John White(就叫他小白吧)就要出现了。 这个John White知道的人不多,他当时是大名鼎鼎的技术公司Perkin-Elmer的CEO。
        小白叫白脱(Tony L. White, Perkin-Elmer's chairman, president and chief executive officer ),而不是白江。

        Craig这个桀骜的人完成了挑战NIH这个不可能的任务后,立马本性还原,一脚踢开Celera公司,回自已公司去了。按他的话说,我不稀罕那些投资,我研究上缺钱了,自然会有人送上来。Celera的股票在Craig离开后,竟然从高峰的100美刀到一下跌倒了10刀不到。
        Craig是在2002年初被白脱踢出Celera的,虽然Craig后来在自传中说他本来也想走了。在Craig被踢之前,Celera的股票已经从顶峰的近250美刀跌倒了25美刀不到。

        • 家园 Craig和White的恩怨没有人清楚

          谁甩谁只有当事人明白了。不过可以肯定的是以Craig的脾气,没有人可以指挥他的。Craig也不缺钱,Celera的发展方向也不对Craig的胃口。从Celera退出后,他自己的公司最高峰的时候雇了几百个人,后来ExxonMobile又给了6个亿。

          又回去查了一下,小白是Tony White,最近老惦记着发明Cofocal的

          John White什么时候拿炸药奖,写写就和这个小白弄混了。

    • 家园 【原创】创造生命还是山寨生命,这是个问题(续)

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      这是人的染色体的一个3D图

      前面说过人的染色体有60亿个碱基,尽管60亿个碱基只有四种类型(简称为A,T,C,G),但是要把这60亿个碱基按照其本来的排列顺序测出来,在1990年以前,这种想法简直属于天方夜谭。可以想象你手里有几十亿张小卡片,小卡片上只有四种颜色,然后有人要你去把这些卡片拼成一个完整的图形,而且最大的问题是没有人知道最后的图形到底长什么样。人类基因组测序当时面临的就是这样的一个无法逾越的困难。

      在上个世纪做测序的困难,本胡是深有体会的。二胡读研究生的时候花了三年的时间作测序,当时国内的条件差(上世纪末),测一个500 个碱基的序列要前前后后花三天的时间,最极端的是在40度的高温下浑身披挂整齐(因为要接触同位素),一次测序下来,手套里的汗可以有半斤。最后得到的测序结果就和下面这张图一样。

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      可以想象,如果按照国内那种条件,就算没有别的困难,理论上测完60亿个碱基至少需要1000像我这样的苦劳力连续工作100年才有可能。

      但是在1990年左右,Craig在NIH和其他科学家一起提出并完善了一个DNA测序的方法,就是后来被人类基因组计划采用的“鸟枪”技术。所谓“鸟枪”技术,简单说就是用极高的压力把生物体的巨大的DNA从一个狭小的出口打出去,在这个过程中,巨大的DNA会被随机剪切成无数的小片段DNA,这些小片段的序列只有人类染色体的几十万分之一甚至更小,然后科学家就可以把这些小片段克隆出来。由于这些小片段序列很短,测序工作可以轻易完成。理论上,这些小片段是随机产生的,所以只有样品数足够多,必然可以找到一个片段的右边序列和另一个片段的左边序列一致,这样,把这两个片段的序列一拼接,科学家就可以确定一段更长的序列,由于所有的染色体都是线性的,所以用这个办法,再配以高性能的计算机,由小及大,最终就可以把整个人类染色体测出来了。

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      这就是一张当时测序出来的图,每条颜色带代表一个碱基,而且这个时候NIH有另外一个利器,就是半自动DNA测序仪。这个好东东是加州理工的另一个牛人Leroy Hood发明的,Leroy Hood 这个人也是个传奇人物,有空我可以发挥发挥,他在加州理工这个培养科学狂人的地方不仅参与发明了DNA测序,蛋白质测序等高端技术,而且还创办了无数个生物技术公司,比如Amgen, Applied Biosystems, Systemix 等等(这里边随便拿一个出来都是业界的大公司),更牛的是William Gates直接找他,塞了几千万美元,说:你去University of Washington 新建一个研究所吧,不但如此,还允许Leroy Hood 的title 用他自己的名字,全称就是William Gates, III Professor。 这个在美国,如果你要看到一个教授他的title前面还有一大堆稀奇古怪的其他人的名字的时候,你一定要对这个教授刮目相看了,因为他肯定是,或曾经是,一个大牛人。

      那这个Williams Gates 是谁呢? 他就是

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      没错,Bill Gates 是众人皆知的名字,但Bill 并不是Gates 老爸给他的正式名字,他的美国护照上用的是Williams 这个名字。

      跑歪了,回来。 正因为这个技术的出现,也促使了NIH有底气去做这个人类基因组计划。当然最开始提出这个计划是有很大一部分政治原因在里面的,1990年左右,冷战刚结束,里根用来糊弄人的星球大战也没戏了,为了寻找新的经济增长点和保持战略上的优势,克林顿政府就玩起了高科技这张牌,人类基因组计划和互联网都是这个大战略中的一个棋子而已。NIH当时定的计划是从1990年开始,用15年的时间测出人类的染色体的全部序列,从这个计划看,NIH当时并不急于把人的染色体序列测出来,而是想把这个项目当成一颗摇钱树的。其实不光美国,当时欧盟,甚至中国的一批科学家都是想搭这个顺风车的。

      但就在这个计划开始两年后,Craig却突然宣布退出NIH,很多人都认为Craig当时的行为是不可理喻的,这个行为就如同一个前景被无限看好的IPO公司中的大股东之一突然宣布退出公司,并放弃所有股权一样。Craig到底当时怎么想的,没有人清楚,但现在主流的观点是认为Craig对NIH的官僚作风很讨厌,认为NIH光花钱不干实事。于是天性桀骜的Craig就把NIH炒鱿鱼了。但其实本胡认为一个更主要的因素是这个人

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      他就是人类基因组计划的第一任头,James Watson,就是那个说Craig的工作是个猴子就可以干的炸药奖得主。其实Watson1992年就不当这个计划的负责人了,所以Craig如果再多熬一段时间,估计就可以成为NIH中负责这个人类基因组计划的一个领头人了。

      抄NIH鱿鱼不说,Craig临走还顺带拐走了NIH的一个人。这就是他的一个学生,也是他后来的第二任妻子,Claire M. Fraser。

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      这是他们两离婚的新闻照片,可惜啊,这对天造之合也有分手的时候。

      我现在想想,Craig当时拐走Claire,绝对是老天爷安排的,因为如果当时Craig没有成功 拐走Claire的话,他现在这些成就大部分都只可能是空中楼阁 ,而且顺带的结果就是由于没有竞争者,NIH估计到现在还在继续拿着人类基因组计划的幌子骗钱,而我们研究生命科学的估计也不会有一个完整的人类基因组序列可以作为参考。

      那假设这Craig生在红旗下,长在阳光中的话,那当他完成人类基因组测序这些惊天动地的创举后,不可避免地要面对CCTV的记者的招牌问题:“你应该感谢谁”时,我想Claire的名字他肯定不能说,因为家人是不能放第一位的。那Craig肯定会说“感谢卡斯特罗,感谢社会主义”。至于为什么?今天喝茶时间结束,咱下回再聊。

      关键词(Tags): #Claire(嘉英)#Craig(嘉英)#人类基因组测序(嘉英)#基因组测序(嘉英)元宝推荐:游识猷, 通宝推:铁手,兰之子,爱莲,
      • 家园 还是不清楚为什么要打成碎片

        这样工作量只会增加啊,因为肯定测的片断加起来肯定要远远多于60亿个碱基才可能构造出完整的图谱啊,因为肯定有很多重复的,而且需要很多重复的片断才能判断哪个片断和哪个片断是连载在一起的?

        • 家园 那时候,测序本质上是个酶学反应

          在生物体外,没有办法保证这个反应可以复制几十亿个碱基,所以只能把大的染色体打断成小的,小的DNA片段被克隆扩增后就可以很容易被测出来了。 后期的工作是相当繁琐的,不光有片段重复的问题,比如人体的染色体上的有些基因还有重复的问题,其中只有一个是真的有功能的,其他的叫“假基因”,这些序列高度类似,但又分布在染色体的不同区内,后期如果没有超级计算机帮忙,这个全序列是没办法拼出来的。

          打个比方有点像没有蓝图却想造汽车,那只好把一个汽车实物拆散,一个零件一个零件的测绘,然后再根据这个画一张蓝图,然后再把整个汽车造出来。

          • 家园 恩,明白了

            恩,明白了,最近对Bioinformatics 的东西很感兴趣

            二胡能不能谈谈这方面的东西,学术界和工业界的发展前景如何?

            2000年左右是很热门的东西,现在不知道怎么样

            • 家园 这里bioinformatics比不上前几年热了

              我的一帮大学同学出国全改bioinformatics了,这专业出来快,三年硕士就可以找工作,起薪和AP差不多,上升空间也不错,干活也不累。但就是前几年中国人进来的太多,不光学生物的转,大学只要是理科专业的都会往这个方向转。人一多,市场也就不太好了。但就发展前景说,国内肯定未来几年应该会大规模需要bioinformatics的人,尤其是一些genomics和proteomics方面的大项目,大学和研究型医院也会要人。

              美国这边的市场在未来2-3年将会是一个谷底,大学和医院都少招或干脆冻结招人计划了,这不光是bioinformatics,还包括所有生物学的专业。国会已经准备把NIH明年的经费砍5%了

              • 家园 因为stimulus拿的太多了?

                还包括所有生物学的专业。国会已经准备把NIH明年的经费砍5%了

                记得去年底批了好多的proposal啊。那个时候招postdoc的email满天飞。

                • 家园 去年招的那些postdoc的命运会比别人不好一点

                  stimulus money一用完 (就是到明年9月份),就是一批实验室关门的时候。这stimulus money就像毒品,NIH这个病人刚high起来,毒品源却断了,这个病人反而比没吸毒时更差了。

                  今年R01的payline已经降到19%了,明后两年会越来越低,奥黑上台时NIH可是报以厚望的,但现在看,小布什都没敢砍NIH的budget,奥黑却落井下石,这可是1970年以来NIH的经费第一次要被砍,明年研究型大学里要血雨腥风了

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