主题：寰球同此凉热 -- 本嘉明
家园 本来石正丽文献中的病毒和目前病毒就有1200个核苷酸的差 但两个病毒应该都有人传人的能力，其实一切呼吸道病毒都有人传人的能力，不然病毒不要活活困死在一个个体里面啊？
疾控中心绝对是替领导背锅。
不过，人传人的能力不同病毒是不同的，下呼吸道疾病一般传染能力不强是真的，疾控中心大概也没有想到这个病毒扩散能力这么强，这个锅有点大，背不动。
- 复 寰球同此凉热-2
家园 这两段有点意思，基本表明作者立场。 事情可能是这样的：“武汉病毒所”确实搞出了这个病毒毒株，“病毒所”也确实有人偷偷把以科研名义优惠价买进的猴子倒卖到海鲜市场去，我倒不认为这位Baric一定就是美国特务 - 复 寰球同此凉热-2
家园 这个病毒所长的来历很有剧情啊，能烂到这份上。 何德何才。
- 待认可未通过。偏要看
- 复 有个逻辑没看懂
家园 我认为石研究员的出发点是好的 她的团队是出于“寻找压制非典病毒，预防非典东山再起”的目的，而开始这些研究的。这也是她敢于拿到国际上大大方方交流的原因。虽然她在2015年那篇PAPER，确实引起一些外国学者的不安（她找到一个损伤人类肺功能，而现存所有疫苗都不能抵抗的方法），但那个PAPER是中美合作的结晶，G2出世，谁与争锋？
这个成果，就是一个中美一起握在手里的“恐怖平衡”，假如当年萨达姆有，撒到55万联军头上，大不了伊拉克人民跟着同归于尽，那第一次海湾战争的历史进程就彻底逆转了。
所以即便2015年这个成果是“邪恶”的，其实也保障了世界和平，使得美军不敢来犯。因为人性之恶，只能用实力去压住。
- 复 寰球同此凉热-2
家园 新冠状病毒是“人造”的证据有哪些 能否提供一些具体的内容。这么重要的结论还是立足于实际确凿的证据，而非质疑或者推测为妥。
家园 引用一家的说法 “武汉病毒”或许是经过人工修改的，目前有两个疑点。
第一个，哈佛等学校的学者已经指出了:多出1378对非天然的碱基对。
第二个，印度研究人员指出的所谓“S蛋白接入了艾滋病毒的DNA”,后来印度作者把文章撤回了。
《文学城》网站（这个网站是台湾裔美国人在美国运营的）有位博主 “马可安”解释了这两点，我把他的博文简化一下，捋一遍。我本人不是学这个专业的，不敢说对错。
首先，在海外的朋友，可以用 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MN908947 来查询各种病毒的蛋白质和核酸序列数据，这个MN908947 就是武汉肺炎病毒的编号。
武汉肺炎病毒，与一种 “舟山蝙蝠冠状病毒“（bat-SL-CoVZC45：MG772933），最为接近。这个病毒的核酸序列数据是于2018年1月5日，由南京军事医学院提交到这个国际数据库的。
武汉病毒和舟山病毒，大约有89.12%相似度；而武汉病毒和2003年的非典病毒，则仅有82.34%的近似度。可是最令人惊异的是，武汉和舟山，这两者的E蛋白完全相符，各自有75个相同的氨基酸。
假如单独拿出S蛋白比较，武汉病毒和舟山病毒仅有81%的相似度。而且中间有四小段插入片段，是武汉病毒的S蛋白独有，舟山病毒S蛋白没有的。这4个插入，就是印度学者质疑的人工插入物。
比较武汉病毒和舟山病毒的核酸序列，发现有一大段是舟山病毒没有而武汉病毒被插进去的（21697-23074，长度1378个碱基对）。
上图：红色部分，就是武汉病毒里那多出来的1378长度。
从业学者搜寻比对不同病毒的蛋白质和核酸序列，可以用一个叫“BLAST”的网上工具https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi ，可以在蛋白质或核酸的页面右侧点击Run Blast。运行BLAST的时候，在空框输入具体搜寻的部位数据。
用BLAST搜索这段1378长度的插入核酸，找不到天然类似的来源。可是它会找到一个匹配对象，就是中国科学家在1980年代做的pShuttle-SN，核酸编号为AY862402。
这些结果表明，“武汉病毒”，有一点可能，是以 “舟山病毒”为素材，人工插入一段1378长度的核酸而合成的。
再说说“云南蝙蝠病毒”是怎么回事。这个云南蝙蝠病毒据称是2013年被石正丽团队采集到的，编号MN996532。它和武汉病毒相似度96%，和舟山病毒的相似度仅89%，尤其是它的S蛋白，可以解释武汉病毒里S蛋白的那四个可疑插入物是自然形成，不是人工产物。可是最大的问题是，它是印度科学家即将发表论文声称武汉病毒S蛋白含有艾滋病毒插入物（就是这4个插入物）之前，由武汉病毒研究所在2020年1月27日火速递交的数据，随后印度方面就撤稿了。武汉所递交的时间点有点不同寻常。
最后，马可安从微生物演化树的角度分析：
上图里，多数分叉都可以几乎100%溯源，知道蛋白或核酸的序列来自哪个自然界的祖先，可是武汉病毒分叉的溯源率仅76%，有24%的东西讲不清楚血统。
通宝推：逍遥蜀客,- 复 引用一家的说法
家园 再提供一些关于“插入片段”的信息 之前说了，这1300多个碱基对位于S蛋白的前半部分。17年的文章(PLoS Pathog. 2017 Nov 30;13(11):e1006698)比较了同一个洞穴蝙蝠身上采集到的多个类萨斯病毒(SARSr-CoV)的基因组序列，可以看到S蛋白的前半部分序列差异较大(即多条曲线彼此分离的部分)：
而这些S蛋白的氨基酸序列存在一定的相似性(加深的区域)
所以这个“插入片段”属于基因组中容易变化的区域，在不同株系的病毒中差异较大。
通宝推：桥上, - 复 引用一家的说法
家园 感谢本兄的回复 先花，几点讨论供商榷。
1）武汉病毒和舟山病毒的差异
根据你引用帖子里的方法，我先在NCBI对武汉肺炎病毒(MN908947) 进行了BLAST对比，现在除了其他武汉病毒的株系(100%)，排名靠前的是舟山蝙蝠冠状病毒(MG772933和MG772934, 89%)，和各种SARS病毒株系(82%)。
进一步将武汉肺炎病毒(MN908947，29903个碱基对)和舟山蝙蝠冠状病毒(MG772933，29802个碱基对)进行比对，二者之间有约1300多个碱基对的差异。这个差异不是武汉病毒比舟山病毒多了一个片段（从两个病毒接近的全基因组长度也能看出不存在直接的大片段插入），而是两个病毒的这1300多个碱基对区域的核酸序列非常的不同，不能像基因组的其他区域那样同源比对在一起。
这1300多个碱基对对应于武汉病毒中是在病毒棘突蛋白(spike)的编码区(58-513位氨基酸)，当我们把武汉病毒和舟山病毒的spike蛋白序列进行比对的时候，二者的序列一致性有81%。下图只截取了前560位氨基酸序列的比对结果
当我们比较编码二者spike蛋白的核酸序列时，同源比对的匹配区是从约第1540个碱基对开始，也即前面约1540碱基对的核酸序列(对应于前513个氨基酸的蛋白序列)同源性差，但蛋白序列差别相对小。在生物体中，由核酸(DNA和RNA)编码蛋白质序列，每三位连续的核苷酸序列(三联体密码子)编码20种氨基酸中的一种，或终止密码子。所以四种核苷酸组成的三联体密码子共有64种(4x4x4)，对应于20种氨基酸和三个终止子，显然会出现多个三联体密码子编码同一个氨基酸的情况，即三联体密码子的简并性。在不同的物种之间，编码同一个氨基酸的各个三联体密码子的频率会有所不同，即三联体密码子的偏好性。在武汉病毒和舟山病毒序列的对比中，差异显著的核酸序列(前1540碱基对)和具有同源性的蛋白序列(前513位氨基酸)很大程度上是密码子偏好性造成的。类似地，你举的两个病毒中E蛋白的例子，二者的蛋白序列完全一致(75/75)，而核酸序列略有差异(222/225)，也是由于偏好性造成的。
蛋白质作为多数细胞生化过程的执行者，其结构和功能由氨基酸序列决定，具有相似序列的蛋白质往往具有类似的结构和功能。
2) “插入片段”与匹配对象AY862402
对“插入片段”与AY862402进行蛋白序列，二者序列一致性为61%(如下图)，低于舟山病毒(对比1)中所示的舟山spike蛋白)。这个AY862402序列是2004年12月21日提交，文章发表于Virus Res. 112 (1-2), 24-31 (2005)，其中提及了载体的内容和构建目的：
We constructed a recombinant adenovirus containing a truncated N-terminal fragment of the SARS-CoV Spike (S) gene (from--45 to 1469, designated Ad-S(N)), which encoded a truncated S protein (490 amino-acid residues, a part of 672 amino-acid S1 subunit)“我们构建了包含N端截短的SARS-CoV Spike（萨斯病毒棘突蛋白S）基因（45-1469碱基对，命名为Ad-S（N））的 重组腺病毒，它编码了截短的棘突蛋白S（490个氨基酸残基，是672个氨基酸的S1亚基的一部分）。”
所以这个片段的来源是SARS病毒，不是人工合成的。
3) S蛋白的插入片段
印度文章的主要观点是武汉病毒的棘突蛋白S具有4个SARS没有的片段，位于约80、150、260和685位，如下图
而当我们把源自武汉病毒和舟山病毒(MG772933)的S蛋白比较时，发现插入片段存在于约265、450、480、495和690位。这表明印度组所做的比对太过简略，选取的序列数量不足，放大了序列间的差异性。
另一方面，他们选取的“插入片段”太短，与HIV同源性较好的片段1和2只有6个氨基酸，片段3和4长一些(8-12个氨基酸)，但HIV对应片段中又出现了进一步的插入片段，而且没有全序列的比对做背景。 他们对于这些片段功能的确认方式只是基于同源建模的模拟，而缺少结构、生化和细胞水平的证据。这种同源性分析只能说聊胜于无。
4) 云南蝙蝠病毒
MN996532 RaTG13于2020年1月27日提交，印度研究组的预印文本是在1月31日bioRxiv上线，几天后撤稿。明显印度方面的撤稿不是由于RaTG13这个事先已经的序列，作为严谨的科研工作者，在文章上线的最后一刻应该对相关的科研进展进行复核，况且是这种实效性很强的研究，而至少3天的时间印度人都没有发现和讨论RaTG13的问题。他们的撤稿也是分析方法和结论出现了多处问题，不仅仅限于RaTG13(如 3)中的一些讨论)。所以强调RaTG13的”火速”提交与印度撤稿的关系我觉得并不能让人信服。
5) 演化树分析
下面Tang兄提及了溯源的问题，我就不多说了
6) 本兄所说的
第一个，哈佛等学校的学者已经指出了:多出1378对非天然的碱基对。非天然碱基对这个表述的指向性是非常强的，这个消息是否有具体的出处
P.S.: NCBI和BLAST国内都是可以用的
通宝推：青颍路,陈王奋起,桥上, - 复 引用一家的说法
家园 这个76%不是溯源律啊 这个是bootstrapping 的值，是说这个进化分支的可能性有76%，也就是说你把这些标红的物种放到这个位置的可靠性是76%。
另外，文章也说了舟山和新冠病毒有89相似，也就是有大概3000个不同，你觉得这三千个不同里有1378是一个蛋白里的插入片段的可能性有多大？
我们也做了多序列比对，用了很多病毒，没有发现这么大的插入片段。
另外和新冠病毒最近的不是舟山，而是云南蝙蝠，相似度96%，就是说有1200个不同，那么这1378应该在哪里丢失呢？
- 复 寰球同此凉热-2
家园 如果假设为真，只能说明党国和军方愚蠢 这跟把空中蔡国庆送去格鲁曼改电子设备一样愚蠢。认贼为师。