主题：【原创】南乡子- 留美生物博后 -- 把酒酹青天

以新問題促方法革新也是常有的，

小的例子比如chromatin IP方法。這個方法還是基于一般生物化學原理。但是，如果沒有提出問題，這樣的方法組合也是沒有的。

尤其是數學/物理方法引入生物學研究。比如我們就是想要看到活細胞中蛋白的樣子，現有的方法的確沒辦法做到。這就要求我們在方法論的原理上有所突破，不能再局限于過去的X光衍射的方法看蛋白結構，熒光標記方法看空間位置了。因此才會在未來產生一個全新的技術突破（很想講出來，可惜現在還不能）。

我剛進入現在這個實驗室的時候，從老板到學生都懷疑我是否能對他們的研究有所貢獻。現在這個情況就好多了，因為我通過計算做出了幾個predictions分別得到實驗的驗證，而這種prediction是很難通過一般實驗生物學做出的。

我覺得成功的關鍵在于不斷與實驗者溝通，并且認真思考生物學問題的本質是什么，使方法不僅緊貼實際，同時還能夠深入生命現象的本質。也算是一個問題促進方法的例子吧。

當然，前提是我們要提出的問題是科學問題，而非哲學問題。

MD只需要明确的蛋白结构和溶液环境就可以了，只是在结果的解释上，需要和实验技术参照，以确定其对原子水平细节的描述合理。

给介绍下国内行情吧

只不過視點不同而已。

你是從計算生物學的觀點入手，我是從實驗驗證的角度入手。只不過，生物學界裡面，大多數時間是大家都是問題一堆，在等待方法而已。

而計算生物學的意義，在我看來，更在於對生物領域觀念上的轉變。

我就是槓子頭，所以，還是只同意一半。

黨科學問題對於所有的領域都有意義的時候，就不再是單純的科學問題，而是哲學問題了。比如說，達爾文的進化論。而所有科學問題的終極目的，也是哲學層次上的。這也是為甚麼要給一個哲學博士學位，而不是科學博士學位。

是我們經常拿來取笑別人說的空話和大話。比如說，“老板又在討論哲學問題了”..

但我本人并不排斥真正的科學哲學問題。比如，我的一個“哲學問題”是，個體的衰老（aging）到底是種群進化中的適應結果，還是只是作為耗散系統的個體中熵持續增加所致的不可逆結果。

聽上去好像真的很哲學，但是在具體研究中帶著這個問題，就會有很多有意思的發現。

其实也已经可以看到了

最近nature发了两篇，在活细胞里的NMR结构解析：Nature 458, pages 37-38。

这个技术已经搞了有几年，在其他刊物上也有些综述啊什么的。

不過我說的還不是這個。是更先進一些的東西，關鍵詞：高時空分辨，原子位置信息，無標記，活體。