五千年(敝帚自珍)

主题:【原创】创造生命还是山寨生命,这是个问题 -- 二胡

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家园 呵呵,忘了尼哥了

不过尼哥区也有例外,比如前不久美国教育部大大表扬的前三所高中,就有底特律的一个charter school,如果我没记错的话,那个学校尼哥的比例是93%,但平均学业成绩是密西根州头几位。

家园 最让我说不出口的一个昵称是

Richard的昵称: Dick

家园 而且一个名字几个昵称的

比如Robert又可以叫Rob

Richard那个可以叫Rich,Rick,Dick啥的

家园 鸟枪法是比较通常的说法

基因枪通常指那个用气体把外源基因打进植物细胞的那个植物转化技术

家园 [再商榷]还是叫霰弹枪法更好

shotgun是个常用语,指把什么东西打散了去做,化整为零是也。当然还有其他意思。

鸟枪也不一定用霰弹,所以还是直接叫霰弹枪法最贴切。

家园 赚啦

恭喜:你意外获得【通宝】一枚

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家园 本篇八卦的很好,老铁特送一宝

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家园 哎呀!得宝了~

很好,今天晚上不亏,赚了13猪:)

家园 【原创】创造生命还是山寨生命,这是个问题(续续)

大家对Craig Venter在人类基因组测序上以一己之力挑战美国NIH的事情知道得比较清楚了,但这个大事件的背后的来龙去脉到底是怎么回事呢?

Craig离开NIH后,自己开了一家公司,不过他当时没有钱去干想干的事情,毕竟测序是一个很高端的技术,一台测序仪就需要30万美刀,一个穷教授怎么可能自己掏腰包干这件事。不过Craig聪明在他离开NIH后,并没有马上去挑战这个人类基因组计划,可能他当时也看出来以NIH的官僚作风,这个计划猴年马月都没有成功的可能性。

这个时候,他从NIH拐走的Clair和另一个牛人,炸药奖得主Hamilton O. Smith,就在历史的召唤下粉墨登场了。这两个牛人可以说是Craig事业中的左膀右臂,没有任何一个,Craig的所有成就,从人类基因组到前不久炒得火热的人造生命,都是不可能的。Clair和Hamilton O. Smith本身都是微生物学家,对人类基因组计划并没有太大的兴趣。但Craig聪明就聪明在这一点,他明白他没办法向全世界证明他可以去测巨大的人类基因组,但他可以用一些基因组很小的微生物来证明他的思路是对的。这就是Claire和Hamilton O. Smith当时做的一个细菌,流感嗜血杆菌。因为流感嗜血杆菌是诱发儿童脑膜炎和肺炎的主要病菌之一,所以在科学上的研究意义很大。但对于Craig来说,这个生物最重要的意义是它的基因组只有不到2百万个碱基对,只是人的基因组2000分之一而已。用他的鸟枪法,应该可以很快测出全部的序列。结果正如Craig预期,3年后,流感嗜血杆菌的全基因序列被测出。这个对当时的科学界的影响可以说是原子弹级别的,因为它是人类有史以来拿到的第一个自由的生命体的全基因组序列。当时人类基因组计划已经进行了5年,但进展甚微,有些科学家都开始怀疑这个计划到底能不能完成,Craig的发现无疑给科学界打了一针强心针。爱屋及乌,Craig的公司马上就母鸡变凤凰了。

但母鸡是变凤凰了,Craig还是没有钱可以挑战NIH。这个时候Craig就要感谢卡斯特罗了。因为Craig命中的贵人,Tony White(就叫他小白吧)就要出现了。 这个Tony White知道的人不多,他当时是大名鼎鼎的技术公司Perkin-Elmer的CEO。John White是在古巴出生的,后来移民美国,如果没有美国在61年弄的猪湾事件,估计小白可能就回古巴了,如果那样,小白也就碰不到Craig,那历史就肯定要改写了。所以说,当我们现在在美滋滋地用着人类基因组数据的时候,一定要在心里感谢一下英明的卡斯特罗在猪湾扛住了美帝国主义的进攻。

这个小白是个天生的商人,年轻的时候小白就是个那种拖个箱子到实验室和医院推销耗材的小角色,但这个小角色的聪明之处在于他发现了一个天大的秘密。小白在给医院卖东西的时候,发现医院特喜欢买贵的的耗材。小白想,这医院是不是有病啊?仔细一研究,发现美国当时大部分的公立医院的管理方式和社会主义的公有企业有得一比,花费都是国家负责买单,不但如此,为了鼓励医院为人民服务,医院每花一美元,政府还给几美分的提成,要不医院就没有干活的热情了。所以医院愿意买贵的东西,这样医院的油水也多。看到了这个秘密,小白回去马上向公司提出了一个策略: 说我们现在这样卖东西太老实了,赚不到钱。我们应该把产品differentiate, 就是差异化,简单地说,就是apple现在干的,一个ipad做成16g,32g,和64g的,再加上wifi和3G,这就是差异化;实际生产成本上根本差不了几个美元,但差异化后市场价格可以浮动数倍。用这个办法,小白替公司包装了无数的产品,硬是把萝卜卖到里人参的价,而且医院还买的很高兴,反正是纳税人的钱,浪费的不亦乐乎。

小白凭着对市场的敏锐的感觉不久就混到了PE的CEO,PE当时可是个大公司,干的也很杂,从光刻到生物技术,什么都玩,广场协议后日元如日中天,PE差点就被尼康公司买走了,幸亏日元随后大贬,PE才活下来(尼康只对光刻感兴趣,当时要是成功了,PE的生物技术部分就黄菜了,那Craig以后也就没戏了。)这PE逃过了蝗军的魔爪,就寻思该怎么改革。小白慧眼识英雄,从PE一大堆垃圾资产中看到了一个不起眼的小公司,这就是上篇我提到的大牛Leory Hood 创建的Applied Biosystems。 这公司干嘛的?它就是卖Hood自己发明的DNA测序仪的。

写到这,大伙该明白下面怎么回事了。正好Craig那边向全世界证明了他的公司有能力测序,这边小白就开始琢磨怎么能赚钱了。其实当时NIH就是小白的客户,但NIH虽然是全世界最大,最有影响力的生物医学研究机构,但无奈于作为一个官僚机构,基层干活的科学家和上层管钱的政客是无法有效沟通的。办事效率及其拖沓,从某种意义上说,NIH和社会主义中的大政府制度下的办事方式是很类似的:一件事从开始设想到最后办成,要经过无数的会议和盖章。正是这个原因,NIH的人类基因组计划进行了8年了,基本还是没有突破性进展。NIH不急,小白急啊,因为NIH不抓紧,不来买他的测序仪,公司的利润怎么保证呢。小白一想,你NIH不社会主义集中制吗,我今天就用资本主义的自由市场概念来给你上上课。于是小白就找了Craig,说:哥们,我给你300台测序仪,你帮我成立个私人公司去测人的基因组。乖乖龙地洞,300台,每台30万,这可是1个亿的投入,估计Craig当时看到这个提案笑得可能都抽抽了。

Craig终于有本钱向NIH挑战了。他马上成立了个公司叫Celera, 这个是拉丁文,意识就是“快”,这背后的意思其实就是在打NIH的脸。嘲笑NIH从1990年到1998年就是个大乌龟。

有钱有设备,Craig底气那叫一个壮,他马上宣布,我要在三年之内测出人类基因的序列。而且我的花费只有NIH的十分之一。当时是1998年,3年就是2001年,要知道NIH的原定计划是2005完成。NIH这么一听可急了,要是让Craig领了先,这NIH的脸往哪搁,这从那么多地方(还包括外国的)连骗带抢的钱怎么交待?

这个时候,最经典的一幕出现了。

某天,只见小白不慌不忙地敲了NIH的大门。

小白: 哥们,你好像最近心情不好?

NIH:

小白:别急,你不就想快点吗,没问题,我保证你比Celera还快。

NIH:怎么办?

小白:买我600台测序仪。

NIH: @#¥%&……*

就这样,小白虽然无偿赠送了Craig300台测序仪(严格意义上说,那300台还是PE的,因为PE在Celera里是大股东,所以就相当于把自己的东西卖给自己的一个皮包公司,GDP就是这么产生的),但在NIH又卖了更多的测序仪,最后一算,赚的那个美啊。

当然最后,Craig还是给NIH留了面子的,背后的交易没有人知道,但小白和NIH的人再没有同时在一个场合出现过。2001年,Craig和NIH联合宣布人类基因组计划的成功。

点看全图

外链图片需谨慎,可能会被源头改

这是当年轰动一时的时代的封面照片,前面那个得意洋洋的是Craig,后面那个是当时NIH人类基因组计划的负责人Francis Collins,有没有觉得Collins想把Craig踹飞的感觉。

Craig这个桀骜的人完成了挑战NIH这个不可能的任务后,立马本性还原,一脚踢开Celera公司,回自已公司去了。按他的话说,我不稀罕那些投资,我研究上缺钱了,自然会有人送上来。Celera的股票在Craig离开后,竟然从离开前的100美刀一下跌倒了现在10刀不到。

2001年后,Craig功成名就了,他终于有资本可以开始做自己人生的最大的一个愿望,创造生命。

关键词(Tags): #全基因组序列(嘉英)#Craig(嘉英)#NIH(嘉英)元宝推荐:游识猷,晨枫, 通宝推:踢细胞,兰之子,王二狗,
家园 还是不清楚为什么要打成碎片

这样工作量只会增加啊,因为肯定测的片断加起来肯定要远远多于60亿个碱基才可能构造出完整的图谱啊,因为肯定有很多重复的,而且需要很多重复的片断才能判断哪个片断和哪个片断是连载在一起的?

家园 那时候,测序本质上是个酶学反应

在生物体外,没有办法保证这个反应可以复制几十亿个碱基,所以只能把大的染色体打断成小的,小的DNA片段被克隆扩增后就可以很容易被测出来了。 后期的工作是相当繁琐的,不光有片段重复的问题,比如人体的染色体上的有些基因还有重复的问题,其中只有一个是真的有功能的,其他的叫“假基因”,这些序列高度类似,但又分布在染色体的不同区内,后期如果没有超级计算机帮忙,这个全序列是没办法拼出来的。

打个比方有点像没有蓝图却想造汽车,那只好把一个汽车实物拆散,一个零件一个零件的测绘,然后再根据这个画一张蓝图,然后再把整个汽车造出来。

家园 是白脱,而不是白江

因为Craig命中的贵人,John White(就叫他小白吧)就要出现了。 这个John White知道的人不多,他当时是大名鼎鼎的技术公司Perkin-Elmer的CEO。
小白叫白脱(Tony L. White, Perkin-Elmer's chairman, president and chief executive officer ),而不是白江。

Craig这个桀骜的人完成了挑战NIH这个不可能的任务后,立马本性还原,一脚踢开Celera公司,回自已公司去了。按他的话说,我不稀罕那些投资,我研究上缺钱了,自然会有人送上来。Celera的股票在Craig离开后,竟然从高峰的100美刀到一下跌倒了10刀不到。
Craig是在2002年初被白脱踢出Celera的,虽然Craig后来在自传中说他本来也想走了。在Craig被踢之前,Celera的股票已经从顶峰的近250美刀跌倒了25美刀不到。

家园 Craig和White的恩怨没有人清楚

谁甩谁只有当事人明白了。不过可以肯定的是以Craig的脾气,没有人可以指挥他的。Craig也不缺钱,Celera的发展方向也不对Craig的胃口。从Celera退出后,他自己的公司最高峰的时候雇了几百个人,后来ExxonMobile又给了6个亿。

又回去查了一下,小白是Tony White,最近老惦记着发明Cofocal的

John White什么时候拿炸药奖,写写就和这个小白弄混了。

家园 揉了揉眼

300台测序仪,每台30万,应该9000万啊,咋就十个亿呢?人民币也差远了,后面有什么猫腻?

写得真好,献花。回帖竟然还有赚的:

恭喜:你意外获得【铢钱】四个

帖子已经成功发表到版面 【科技探索】 中。请 [查看所发内容] 以确保无误

家园 恩,明白了

恩,明白了,最近对Bioinformatics 的东西很感兴趣

二胡能不能谈谈这方面的东西,学术界和工业界的发展前景如何?

2000年左右是很热门的东西,现在不知道怎么样

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