主题：翻译一篇分子进化的文献 -- 空格

这位作者是甘肃人。用我一位前辈的话，是中国生物学学者的一个传奇。话说当年这位大牛上中学时，就对数学颇有爱好。高考的时候，本来踌躇满志地要从家乡考到北大去学数学。结果，同考场有人作弊，按照当年的高考纪律，整个考场的人，该科成绩全部记零分。

于是这位当年的年轻学子就用比别人少一门课的总成绩，上了个三本（那时叫普本）甘肃农学院。唯一或许可以给他一点安慰（如果当年他觉得这确实是一个安慰的话）是他所学的专业是数量遗传学。他仍然可以从事他喜欢的和数学相关的学习。或许这是给一个不到20的年轻人的人生打击中唯一的安慰吧。

后面的事情长话短说，他毕业后工作，然后考研，在农科院，然后又回甘肃工作，然后又考博，方向是群体遗传。然后出国做博后，从事分子进化的研究，多年的数学底子保证他可以在一个很深的起点上，直接从分子进化的“底层”（相对于多数不懂数学和统计学的生物学背景的学者而言）入手开展研究。

现在他所开发的方法已经成为分子进化的主流研究方法之一，他所使用的软件，成为这个学科的标准应用软件之一。这位学者本人，也在06年被选为英国皇家科学院的院士。

百度关键词：杨子恒

或者我们可以说得稍微具体一点。话说1968年，那是一个春天。有一位日本学者，在进化论深入到分子水平的工作中，画了一个圈。

这位日本学者，叫木村资生。这个圈，我们今天可以叫他分子进化的中性学说。这个学说提出，认为在分子水平，自然选择解释不了很多分子水平的现象，相反的，如果假定进化是不受自然选择作用的，那么很多现象反而可以得到很好的解释。此话一出，学界大哗：从达耳文开始一百多年的进化论研究，如果在分子水平被认为不正确的，耶和华同学情何以堪。。。众学者纷纷表示情绪很难稳定，生活受影响很大。再加上科学以证伪为本。研究从怀疑出发。论战开始了，而且一进行就是二十年。

好在科学与屁股可以没什么关系，在nature和science上灌水也没有投蛋这个功能，想送花可以引用，想投蛋只能下期杂志上另开新贴。想退出。。。没门！有人在的地方就有科学，人拆解自我的过程就是科学，你怎么退？？

总而言之，弹指之间，中性学说也在发展中站稳了脚跟。现在的学者已经普遍接受，在分子水平，进化受随机作用的影响确实很大，但是像木村当年说的那样的“中性”情况，太严格而难以经受统计学检验。所以，学者的研究重点开始转到了这一点上：虽然分子水平上进化的作用不是主要地位，但是毕竟是有。那么，用什么样的方法，可以确认那些分子水平的适应进化事件呢？

杨子恒老师的工作，就是基于统计学上一种叫最大似然检验的方法，开发了一套模型，可以检验分子水平的那些变化（学名叫取代）是不是真的由适应进化造成的。相应地，杨老师开发了一套算这个东西的软件，叫PAML。

百度关键词：适应进化 PAML

我正学习的这篇文献，就是杨老师写的关于如何检测分子水平适应的统计方法的一篇综述。

A SOIL TURTLE FIGHTING AGAINST AN IRON BULL...