主题：翻译一篇分子进化的文献 -- 空格

传统来说，同义和非同意取代速率（框壹）的定义是，基于两条DNA序列比较的背景，用ds和dn作为每个位点上同义和非同义取代的数目[5]。这样，比值omega＝dn/ds就度量了两种速率之间的差距，并且成为编码取代模型的数学描述中最容易理解的一种（框贰）。如果一个氨基酸改变是中性的，它将被与同义突变相同的速率被固定，omega＝1。如果是一个有害的氨基酸改变，纯化选择（box 1）将消除它的固定速率，此时omega<1。只有当这个氨基酸改变提供了一个选择优势时，它才会被以高于同义突变的速度固定，omega>1。这样，一个显著大于1的omega比值成为可靠的分歧选择{diversifying selection}<所谓分歧选择和正选择是一回事，而纯化选择则是负选择的另一种叫法，下文会提到>的证据。

基于编码的分析（框贰）不能推论同义取代是被选择驱动还是突变驱动<这里的突变是指随机突变>，但是它不能假定同义取代是中性的。例如，较高的密码子使用偏好既可能是选择的作用（例如，翻译效率[6]）也可能是突变的作用，并能极大地影响同义取代速率。然而，通过引入参数pai_j作为此模型中密码子j的参数（框贰）。取代速率的估计将可以完整地解释编码使用偏好（框壹）而不必考虑其来源。因为参数omega是一个蛋白质分子上选择压力的度量，他把编码倾向分析与其他基于群体遗传假定之上的更通用的中性检测区别开来[7,8]。这些通用的检测通常无法决定偏离严格中性模型的原因，例如群体大小的改变，环境波动或不同的选择模式。