主题：【原创】【进化生物学】活化石的“高速进化” -- 尼伯龙根·蜗藤
似乎已经找到了大量哺乳动物化石，已经分化了。
1.线粒体的序列啊，这个问题有点复杂。因为线粒体的复制是靠自己的DNA复制酶，而不是用细胞复制所用的DNA复制酶。所以，线粒体的序列的分子突变率比细胞的要高几个数量级。我不知道其他的那些序列是不是也是线粒体序列。
2.十几年来的分子测序，的确是挑进化上功能相对重要，在不同的种类中非常保守的那些蛋白来进行的。但是近来随着全基因组测序的推进，开始尝试着用几M几十M的序列，进行比较，以此来推断分子突变率。我不知道这是不是你所说的那个。
3.我同意你关于进化树和测序的推断。因为一直以来，这些功能保守的蛋白被强大的进化压力限制住了改变的可能性。任何一个改变都意味着千百个其他的基因改变已经发生过了。
虽然绝大多数的对于发育重要的基因，都受到了强大的选择压力。但是处于不是最关键部位的那些基因，依然会改变的。而这些改变，却是性状改变的最主要的动力。
举例来说，头尾的决定，是依靠BMP信号的产生的浓度梯度。这个机制在节肢动物之前就已经确定了。甚至有可能在扁形动物，比如涡虫，出现的时候就已经决定了。因为眼点的存在，主要的功能性神经节，开始出现在身体前部。但是这个时候，头部还只是一个概念而已。
但是，真正的头部功能，要等到节肢动物才算是确定下来。口器的存在，只是我们标准意义上的一个替代。
真正的头部，要等到脊索动物才算是出现。但是首先出现的是上颌，下颌要等好长一段时间才会出现。
从最初的原始下颌，到目前存在的下颌。也经历了很多的变化才最终地定了下来。
举这个例子，是想说明一件事情。就是进化的突进中存在很多死胡同。但是这些死胡同，并不是凭空出现的，而是在最基本的主干上长出来的。而每一个枝节出现，都意味着修饰改变了原来的光秃秃的枝节。而这些枝节，因为一开始并没有什么重要的选择压力，（原来的枝节还在行使着呢），所以才能够逐渐改变，并且保留了下来。
这也是为什么所谓的进化大爆炸出现的原因。
好了，好像扯得太远了。就此打住。
点评点评！讲解讲解！快！
只是觉得老兄的评论过于负面，回想一下咱们的观点也有很多一致的地方。:)
所以有时看到很大的DNA序列变化并不代表蛋白序列变化。
如果原文讨论的是蛋白质序列则另当别论了。但也有氨基酸也可以置换而不造成蛋白质功能剧变的。
尽管密码子第三位可以变化，但是并不是说就没有选择压力在上面。一方面，是tRNA反密码子识别的效率和编码同一氨基酸的各种tRNA间相对比例的问题；另一方面，是mRNA二级结构与识别二级结构的转运蛋白间的问题；再有，是miRNA, siRNA识别位点的问题。所以，如果你看功能保守的蛋白质的DNA序列，在不同的种类间的比较的时候，你会发现，很多地方是高度保守的。尽管存在着密码子第三位的可变性，这些地方的保守性，就说明了选择压力的存在。
至于某些氨基酸转变，不引起功能的改变，这的确是事实。但是也不能一概而论。比方说某些线粒体蛋白质突变所引起的疾病。我记得是电子转移链中的一个蛋白，其中的一个亮氨酸，转变成了异亮氨酸，结果造成了在内耳的良性肿瘤。一般这种同类氨基酸的转换是不会造成什么影响的。这就说明了保守性的多样性。