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主题:【讨论】柳叶刀预印文章:武汉并非新冠病毒动物传人发生地 -- 菜根谭

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家园 【讨论】柳叶刀预印文章:武汉并非新冠病毒动物传人发生地 -- 有补充

结论是首发地应该是南亚印度次大陆。

中科院上海神经所的文章,原文在此

最终根追到了南亚印度次大陆。

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替换

SARS-CoV-2在人类宿主中的早期秘密传播和进化

背景:严重急性呼吸系统综合症冠状病毒2(SARS-CoV-2)于2019年12月底在武汉市首次发现,并导致正在进行的2019年冠状病毒病(COVID-19)大流行。迄今为止,这种大流行已经夺走了全世界一百万人的生命,其起源仍然未知。

方法:在这项研究中,我们开发了一种使用SARS-CoV-2全基因组序列搜索变异最少的菌株的方法。根据简约原则,突变最少的菌株应该是所有SARS-CoV-2的系统发生根。我们进一步研究了SARS-CoV-2在人类宿主中的适应性进化过程,使用突变最少的菌株作为系统发生根,并分析了其在不同国家/地区的菌株多样性。

发现:根据它们的编码区同一性,我们将4571个SARS-CoV-2基因组序列分为2019年12月至2020年7月之间从人类宿主收集的2449个病毒株。我们发现SARS-CoV-2(NC_045512)株首先在武汉并非最少突变的菌株。在我们的数据集中,有41个SARS-CoV-2菌株的全局点突变少于NC_045512菌株。由于SARS-CoV-2变异性低,在四大洲的八个国家中发现的变异最少。在五个SARS-CoV-2的基因中鉴定出八个阳性选择位点,其中四个存在于SARS-CoV-2的人际传播早期。NC_045512菌株具有两个阳性选择位点,一个在RNA依赖性RNA聚合酶(L314P)中,另一个在刺突蛋白(G614D)中。对不同国家/地区SARS-CoV-2菌株多样性的统计分析表明,印度次大陆具有最高的菌株多样性。此外,基于SARS-CoV-2的突变率,我们估计人类宿主中最早的SARS-CoV-2传播可追溯到2019年7月或8月。

解释:我们的结果表明,武汉不是人与人SARS-CoV-2传播首次发生的地方。在传播到武汉之前,SARS-CoV-2在人与人之间的传播过程中已经经历了适应性进化。阳性选择位点可能有助于不同SARS-CoV-2菌株的不同临床特征。突变最少的菌株的地理信息和菌株多样性均表明,印度次大陆可能是最早发生人与人之间SARS-CoV-2传播的地点,该爆发发生在武汉爆发之前的三四个月。我们的研究有助于阐明SARS-CoV-2在人类宿主中的早期秘密传播和进化,并为全球管理COVID-19大流行提供新的思路。

通宝推:大漠老兔,mezhan,
作者 对本帖的 补充(1)
家园 印度新冠无症状感染者比例高和病亡率低有了合理解释

以前流行过一段低杀伤力的病毒,部分人群已经有预存免疫了

通宝推:宝特勤,
见前补充 4569845
家园 为什么是上海神经所

我不是这一行的,纯好奇。为什么不是病毒所,生物所什么的?莫非学老川的先进经验,神经科专家当防疫顾问?

家园 生物信息学而已
家园 你这个属于恶意猜测了

这个工作本来就是数据分析和概率计算

测序都是各国公开的,收集到了之后分析

脑科学中心本来就是一批人在搞计算,要搞个数字脑,

弄这个病毒溯源分析也是生物信息学的老本行

家园 这解释了我的一大疑问

我以前发过贴,不懂以印度的人口密度和医疗资源稀缺度,新冠死亡率为何如此低。我一直认为是数字统计问题。

话说回来,还是印度前宗主国英国了解印度。哪怕新冠前,英航往返印度航班着陆前机舱里要喷药消毒的。

通宝推:临歧击剑,
家园 有不少老印在武汉学医,国内对生物安全要注意了。

石正丽看来应该到印度抓蝙蝠了。

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